man/nj.Rd

   1 \name{nj}
   2 \alias{nj}
   3 \title{Neighbor-Joining Tree Estimation}
   4 \description{
   5   This function performs the neighbor-joining tree estimation of Saitou
   6   and Nei (1987).
   7 }
   8 \usage{
   9 nj(X)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{X}{a distance matrix; may be an object of class ``dist''.}
  13 }
  14 \value{
  15   an object of class \code{"phylo"}.
  16 }
  17 \references{
  18   Saitou, N. and Nei, M. (1987) The neighbor-joining method: a new
  19   method for reconstructing phylogenetic trees. \emph{Molecular Biology
  20     and Evolution}, \bold{4}, 406--425.
  21
  22   Studier, J. A. and Keppler, K. J. (1988) A note on the
  23   neighbor-joining algorithm of Saitou and Nei. \emph{Molecular Biology
  24     and Evolution}, \bold{5}, 729--731.
  25 }
  26 \author{Emmanuel Paradis}
  27 \seealso{
  28   \code{\link{write.tree}}, \code{\link{read.tree}},
  29   \code{\link{dist.dna}}, \code{\link{bionj}},
  30   \code{\link{fastme}}
  31 }
  32 \examples{
  33 ### From Saitou and Nei (1987, Table 1):
  34 x <- c(7, 8, 11, 13, 16, 13, 17, 5, 8, 10, 13,
  35        10, 14, 5, 7, 10, 7, 11, 8, 11, 8, 12,
  36        5, 6, 10, 9, 13, 8)
  37 M <- matrix(0, 8, 8)
  38 M[lower.tri(M)] <- x
  39 M <- t(M)
  40 M[lower.tri(M)] <- x
  41 dimnames(M) <- list(1:8, 1:8)
  42 tr <- nj(M)
  43 plot(tr, "u")
  44 ### a less theoretical example
  45 data(woodmouse)
  46 trw <- nj(dist.dna(woodmouse))
  47 plot(trw)
  48 }
  49 \keyword{models}