man/nj.Rd

   1 \name{nj}
   2 \alias{nj}
   3 \title{Neighbor-Joining Tree Estimation}
   4 \description{
   5   This function performs the neighbor-joining tree estimation of Saitou
   6   and Nei (1987).
   7 }
   8 \usage{
   9 nj(X)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{X}{a distance matrix; may be an object of class ``dist''.}
  13 }
  14 \value{
  15   an object of class \code{"phylo"}.
  16 }
  17 \references{
  18   Saitou, N. and Nei, M. (1987) The neighbor-joining method: a new
  19   method for reconstructing phylogenetic trees. \emph{Molecular Biology
  20     and Evolution}, \bold{4}, 406--425.
  21 }
  22 \author{Emmanuel Paradis}
  23 \seealso{
  24   \code{\link{write.tree}}, \code{\link{read.tree}},
  25   \code{\link{dist.dna}}, \code{\link{bionj}},
  26   \code{\link{fastme}}
  27 }
  28 \examples{
  29 ### From Saitou and Nei (1987, Table 1):
  30 x <- c(7, 8, 11, 13, 16, 13, 17, 5, 8, 10, 13,
  31        10, 14, 5, 7, 10, 7, 11, 8, 11, 8, 12,
  32        5, 6, 10, 9, 13, 8)
  33 M <- matrix(0, 8, 8)
  34 M[row(M) > col(M)] <- x
  35 M[row(M) < col(M)] <- x
  36 rownames(M) <- colnames(M) <- 1:8
  37 tr <- nj(M)
  38 plot(tr, "u")
  39 ### a less theoretical example
  40 data(woodmouse)
  41 trw <- nj(dist.dna(woodmouse))
  42 plot(trw)
  43 }
  44 \keyword{models}