man/mvr.Rd

   1 \name{mvr}
   2 \alias{mvr}
   3 \alias{mvrs}
   4 \title{Minimum Variance Reduction}
   5 \description{
   6   Phylogenetic tree construction based on the minimum variance reduction.
   7 }
   8 \usage{
   9 mvr(X, V)
  10 mvrs(X, V, fs = 15)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{X}{a distance matrix.}
  14   \item{V}{a variance matrix.}
  15   \item{fs}{agglomeration criterion parameter.}
  16 }
  17 \details{
  18   The MVR method can be seen as a version of BIONJ which is not
  19   restricted to the Poison model of variance (Gascuel 2000).
  20 }
  21 \value{
  22   an object of class \code{"phylo"}.
  23 }
  24 \references{
  25   Criscuolo, A. and Gascuel, O. (2008). Fast NJ-like algorithms to deal
  26   with incomplete distance matrices. \emph{BMC Bioinformatics}, 9.
  27
  28   Gascuel, O. (2000). Data model and classification by trees: the
  29   minimum variance reduction (MVR) method. \emph{Journal of
  30     Classification}, \bold{17}, 67--99.
  31 }
  32 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  33 \keyword{models}