man/mrca.Rd

   1 \name{mrca}
   2 \alias{mrca}
   3 \title{Find Most Recent Common Ancestors Between Pairs}
   4 \description{
   5   This function returns for each pair of tips (and nodes) its most
   6   recent common ancestor (MRCA).
   7 }
   8 \usage{
   9 mrca(phy, full = FALSE)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  13   \item{full}{a logical indicating whether to return the MRCAs among
  14     all tips and nodes (if \code{TRUE}); the default is to return only
  15     the MRCAs among tips.}
  16 }
  17 \details{
  18   The diagonal is set to the number of the tips (and nodes if \code{full
  19     = TRUE}).
  20
  21   If \code{full = FALSE}, the colnames and rownames are set with the tip
  22   labels of the tree; otherwise the numbers are given as names.
  23 }
  24 \value{
  25   a matrix of mode numeric.
  26 }
  27 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  28 \keyword{manip}