man/mcconwaysims.test.Rd

   1 \name{mcconwaysims.test}
   2 \alias{mcconwaysims.test}
   3 \title{McConway-Sims Test of Homogeneous Diversification}
   4 \description{
   5   This function performs the McConway--Sims test that a trait or
   6   variable does not affect diversification rate.
   7 }
   8 \usage{
   9 mcconwaysims.test(x)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{x}{a matrix or a data frame with at least two columns: the first
  13     one gives the number of species in clades with a trait supposed to
  14     increase or decrease diversification rate, and the second one the number of
  15     species in the sister-clades without the trait. Each
  16     row represents a pair of sister-clades.}
  17 }
  18 \details{
  19   The McConway--Sims test compares a series of sister-clades where one
  20   of the two is characterized by a trait supposed to affect
  21   diversification rate. The null hypothesis is that the trait does not
  22   affect diversification. The alternative hypothesis is that
  23   diversification rate is increased or decreased by the trait (by
  24   contrast to the Slowinski--Guyer test). The test is a likelihood-ratio
  25   of a null Yule model and an alternative model with two parameters.
  26 }
  27 \value{
  28   a data frame with the \eqn{\chi^2}{chi2}, the number of degrees of
  29   freedom, and the \emph{P}-value.
  30 }
  31 \references{
  32   McConway, K. J. and Sims, H. J. (2004) A likelihood-based method for
  33   testing for nonstochastic variation of diversification rates in
  34   phylogenies. \emph{Evolution}, \bold{58}, 12--23.
  35 }
  36 \author{Emmanuel Paradis}
  37 \seealso{
  38   \code{\link{balance}}, \code{\link{slowinskiguyer.test}},
  39   \code{\link[geiger]{rc}} in \pkg{geiger},
  40   \code{\link[apTreeshape]{shift.test}} in \pkg{apTreeshape}
  41 }
  42 \examples{
  43 ### simulate 10 clades with lambda = 0.1 and mu = 0.09:
  44 n0 <- replicate(10, balance(rbdtree(.1, .09, Tmax = 35))[1])
  45 ### simulate 10 clades with lambda = 0.15 and mu = 0.1:
  46 n1 <- replicate(10, balance(rbdtree(.15, .1, Tmax = 35))[1])
  47 x <- cbind(n1, n0)
  48 mcconwaysims.test(x)
  49 slowinskiguyer.test(x)
  50 richness.yule.test(x, 35)
  51 }
  52 \keyword{htest}