man/landplants.Rd

   1 \name{landplants}
   2 \alias{landplants}
   3 \alias{landplants.newick}
   4 \title{Gene Tree of 36 Landplant rbcL Sequences}
   5 \description{
   6   This data set describes a gene tree estimated from 36 landplant
   7   \emph{rbc}L sequences.
   8 }
   9 \usage{
  10 data(landplants.newick)
  11 }
  12 \format{
  13   \code{landplants.newick} is a string with the tree in Newick format.
  14 }
  15 \source{
  16   This tree is described in Sanderson (1997) and is also  a
  17   data example in the software package r8s
  18   (\url{http://ginger.ucdavis.edu/r8s/}).
  19 }
  20 \references{
  21   Sanderson, M. J. (1997) A nonparametric approach to estimating
  22     divergence times in the absence of rate constancy. \emph{Molecular
  23     Biology and Evolution}, \bold{14}, 1218--1231.
  24 }
  25 \examples{
  26 # example tree in NH format (a string)
  27 data("landplants.newick")
  28 landplants.newick
  29
  30 # get corresponding phylo object
  31 tree.landplants <- read.tree(text = landplants.newick)
  32
  33 # plot tree
  34 plot(tree.landplants, label.offset = 0.001)
  35 }
  36 \keyword{datasets}
  37