man/landplants.Rd

   1 \name{landplants}
   2 \alias{landplants}
   3 \alias{landplants.newick}
   4 \title{Gene Tree of 36 Landplant rbcL Sequences}
   5 \description{
   6   This data set describes a gene tree estimated from 36 landplant
   7   \emph{rbc}L sequences.
   8 }
   9 \usage{
  10 data(landplants.newick)
  11 }
  12 \format{
  13   \code{landplants.newick} is a string with the tree in Newick format.
  14 }
  15 \source{
  16   This tree is described in Sanderson (1997) and is also  a
  17   data example in the software package r8s
  18   (\url{http://ginger.ucdavis.edu/r8s/}).
  19 }
  20 \seealso{
  21 \code{\link{chronogram}}, \code{\link{ratogram}}, \code{\link{NPRS.criterion}}.
  22 }
  23 \references{
  24   Sanderson, M. J. (1997) A nonparametric approach to estimating
  25     divergence times in the absence of rate constancy. \emph{Molecular
  26     Biology and Evolution}, \bold{14}, 1218--1231.
  27 }
  28 \examples{
  29 # example tree in NH format (a string)
  30 data("landplants.newick")
  31 landplants.newick
  32
  33 # get corresponding phylo object
  34 tree.landplants <- read.tree(text = landplants.newick)
  35
  36 # plot tree
  37 plot(tree.landplants, label.offset = 0.001)
  38 }
  39 \keyword{datasets}
  40