man/klastorin.Rd

   1 \name{klastorin}
   2 \alias{klastorin}
   3 \title{Klastorin's (1982) method for classifying genes as suggested by Misawa
   4 and Tajima (2000)}
   5 \usage{
   6 klastorin(phy)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{a phylogenetic tree, i.e. an object of class \code{"phy"}. The root of the tree should make
  10    sense biologically.
  11   }
  12 }
  13 \description{
  14   The function \code{klastorin} uses the method by Klastorin's (1982) as
  15   suggested by Misawa and Tajima (2000) for identifying groups within
  16   gene trees.
  17 }
  18 \value{
  19 A vector indication the class affiliation for each sequence/taxon in the tree.
  20 }
  21 \seealso{
  22 \code{\link{opsin}}.
  23 }
  24 \references{
  25    Klastorin T.D. (1982) An alternative method for hospital partition
  26    determination using hierarchical cluster analysis. \emph{Operations
  27      Research} \bold{30},1134--1147.
  28
  29    Misawa, K. (2000) A simple method for classifying genes and a bootstrap
  30    test for classifications. \emph{Molecular Biology and Evolution},
  31    \bold{17}, 1879--1884.
  32 }
  33 \author{Gangolf Jobb (\url{http://www.treefinder.de})}
  34 \examples{
  35 # find groups in landplant tree
  36 data("landplants.newick")
  37 tree1 <- read.tree(text = landplants.newick)
  38 plot(tree1, label.offset = 0.001)
  39 klastorin(tree1)
  40 tree1$tip.label
  41
  42 # find groups in opsin tree
  43 data("opsin.newick")
  44 tree2 <- read.tree(text = opsin.newick)
  45 plot(tree2,label.offset = 0.01)
  46 groups <- klastorin(tree2)
  47 groups
  48 tree2$tip.label[groups==1]
  49 tree2$tip.label[groups==2]
  50 tree2$tip.label[groups==3]
  51 tree2$tip.label[groups==4]
  52 tree2$tip.label[groups==5]
  53 }
  54 \keyword{manip}