man/hivtree.Rd

   1 \name{hivtree}
   2 \alias{hivtree}
   3 \alias{hivtree.newick}
   4 \alias{hivtree.table}
   5
   6 \title{Phylogenetic Tree of 193 HIV-1 Sequences}
   7
   8 \description{
   9   This data set describes an estimated clock-like phylogeny of 193 HIV-1
  10   group M sequences sampled in the Democratic Republic of Congo.
  11 }
  12
  13 \usage{
  14 data(hivtree.newick)
  15 data(hivtree.table)
  16 }
  17
  18 \format{
  19   \code{hivtree.newick} is a string with the tree in Newick format.
  20   The data frame \code{hivtree.table} contains the corresponding internode
  21   distances.
  22 }
  23
  24 \source{
  25   This is a data example from Strimmer and Pybus (2001).
  26 }
  27
  28 \references{
  29   Strimmer, K. and Pybus, O. G. (2001) Exploring the demographic history
  30   of DNA sequences using the generalized skyline plot. \emph{Molecular
  31     Biology and Evolution}, \bold{18}, 2298--2305.
  32 }
  33
  34 \examples{
  35 # example tree in NH format (a string)
  36 data("hivtree.newick")
  37 hivtree.newick
  38
  39 # generate file "hivtree.phy" in working directory
  40 cat(hivtree.newick, file = "hivtree.phy", sep = "\n")
  41 tree.hiv <- read.tree("hivtree.phy") # load tree
  42 unlink("hivtree.phy") # delete the file "hivtree.phy"
  43
  44 plot(tree.hiv)
  45
  46 # table with list of internode distances
  47 data("hivtree.table")
  48 hivtree.table
  49
  50
  51 # construct coalescence intervals
  52 ci <- coalescent.intervals(tree.hiv) # from tree
  53 ci <- coalescent.intervals(hivtree.table$size) #from intervals
  54 ci
  55 }
  56 \keyword{datasets}