man/gammaStat.Rd

   1 \name{gammaStat}
   2 \alias{gammaStat}
   3 \title{Gamma-Statistic of Pybus and Harvey}
   4 \usage{
   5 gammaStat(phy)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9 }
  10 \description{
  11   This function computes the gamma-statistic which summarizes the
  12   information contained in the inter-node intervals of a phylogeny. It
  13   is assumed that the tree is ultrametric. Note that the function does
  14   not check that the tree is effectively ultrametric, so if it is not,
  15   the returned result may not be meaningful.
  16 }
  17 \value{
  18   a numeric vector of length one.
  19 }
  20 \details{
  21   The gamma-statistic is a summary of the information contained in the
  22   inter-node intervals of a phylogeny; it follows, under the assumption
  23   that the clade diversified with constant rates, a normal distribution
  24   with mean zero and standard-deviation unity (Pybus and Harvey
  25   2000). Thus, the null hypothesis that the clade diversified with
  26   constant rates may be tested with \code{2*(1 -
  27     pnorm(abs(gammaStat(phy))))} for a two-tailed test, or \code{1 -
  28     pnorm(abs(gammaStat(phy)))} for a one-tailed test, both returning
  29   the corresponding P-value.
  30 }
  31 \references{
  32   Pybus, O. G. and Harvey, P. H. (2000) Testing macro-evolutionary
  33   models using incomplete molecular phylogenies. \emph{Proceedings of
  34     the Royal Society of London. Series B. Biological Sciences},
  35   \bold{267}, 2267--2272.
  36 }
  37 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  38 \seealso{
  39   \code{\link{branching.times}}, \code{\link{ltt.plot}}, \code{\link{skyline}}
  40 }
  41 \keyword{univar}