man/fastme.Rd

   1 \name{FastME}
   2 \alias{fastme}
   3 \alias{fastme.bal}
   4 \alias{fastme.ols}
   5 \title{
   6   Tree Estimation Based on the Minimum Evolution Algorithm
   7 }
   8 \description{
   9   The two FastME functions (balanced and OLS) perform the
  10   Minimum Evolution algorithm of Desper and Gascuel (2002).
  11 }
  12 \usage{
  13   fastme.bal(X, nni = TRUE)
  14   fastme.ols(X, nni = TRUE)
  15 }
  16 \arguments{
  17   \item{X}{a distance matrix; may be an object of class \code{"dist"}.}
  18   \item{nni}{a boolean value; TRUE to do NNIs (default).}
  19 }
  20 \value{
  21   an object of class \code{"phylo"}.
  22 }
  23 \references{
  24   Desper, R. and Gascuel, O. (2002) Fast and accurate phylogeny
  25   reconstruction algorithms based on the minimum-evolution principle.
  26   \emph{Journal of Computational Biology}, \bold{9(5)}, 687--705.
  27 }
  28 \author{
  29   original C code by Richard Desper; adapted and ported to R
  30   by Vincent Lefort \email{vincent.lefort@lirmm.fr}
  31 }
  32 \seealso{
  33   \code{\link{nj}}, \code{\link{bionj}},
  34   \code{\link{write.tree}}, \code{\link{read.tree}},
  35   \code{\link{dist.dna}}, \code{\link{mlphylo}}
  36 }
  37 \examples{
  38 ### From Saitou and Nei (1987, Table 1):
  39 x <- c(7, 8, 11, 13, 16, 13, 17, 5, 8, 10, 13,
  40        10, 14, 5, 7, 10, 7, 11, 8, 11, 8, 12,
  41        5, 6, 10, 9, 13, 8)
  42 M <- matrix(0, 8, 8)
  43 M[row(M) > col(M)] <- x
  44 M[row(M) < col(M)] <- x
  45 rownames(M) <- colnames(M) <- 1:8
  46 tr <- fastme.bal(M)
  47 plot(tr, "u")
  48 ### a less theoretical example
  49 data(woodmouse)
  50 trw <- fastme.bal(dist.dna(woodmouse))
  51 plot(trw)
  52 }
  53 \keyword{models}
  54