man/ewLasso.Rd

   1 \name{ewLasso}
   2 \alias{ewLasso}
   3 \title{
   4   Incomplete distances and edge weights of unrooted topology
   5 }
   6 \description{
   7   This function implements a method for checking whether an incomplete
   8   set of distances satisfy certain conditions that might make it
   9   uniquely determine the edge weights of a given topology, T. It prints
  10   information about whether the graph with vertex set the set of leaves,
  11   denoted by X, and edge set the set of non-missing distance pairs,
  12   denoted by L, is connected or strongly non-bipartite. It then also
  13   checks whether L is a triplet cover for T.
  14 }
  15 \usage{
  16 ewLasso(X, phy)
  17 }
  18 \arguments{
  19   \item{X}{a distance matrix.}
  20   \item{phy}{an unrooted tree of class \code{"phylo"}.}
  21 }
  22 \details{
  23   Missing values must be represented by either \code{NA} or a negative value.
  24
  25   This implements a method for checking whether an incomplete set of
  26   distances satisfies certain conditions that might make it uniquely
  27   determine the edge weights of a given topology, T. It prints
  28   information about whether the graph, G, with vertex set the set of
  29   leaves, denoted by X, and edge set the set of non-missing distance
  30   pairs, denoted by L, is connected or strongly non-bipartite. It also
  31   checks whether L is a triplet cover for T. If G is not connected, then
  32   T does not need to be the only topology satisfying the input
  33   incomplete distances. If G is not strongly non-bipartite then the
  34   edge-weights of the edges of T are not the unique ones for which the
  35   input distance is satisfied. If L is a triplet cover, then the input
  36   distance matrix uniquely determines the edge weights of T. See Dress
  37   et al. (2012) for details.
  38 }
  39 \value{
  40   NULL, the results are printed in the console.
  41 }
  42 \references{
  43   Dress, A. W. M., Huber, K. T., and Steel, M. (2012) `Lassoing' a
  44   phylogentic tree I: basic properties, shellings and covers.
  45   \emph{Journal of Mathematical Biology}, \bold{65(1)}, 77--105.
  46 }
  47 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  48 \keyword{multivariate}