man/evolve.phylo.Rd

   1 \name{evolve.phylo}
   2 \alias{evolve.phylo}
   3 \title{Ancestral Character Simulation}
   4 \description{
   5   Simulate the (independent) evolution of one or several continuous
   6   characters along a given phylogenetic tree under a homogeneous
   7   Brownian model.
   8 }
   9 \usage{
  10 evolve.phylo(phy, value, var)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{phy}{an object of class 'phylo' with branch lengths.}
  14   \item{value}{ancestral states, one by character. The (optional) names
  15     of this vector will be used as character names.}
  16   \item{var}{the variance of each character.}
  17 }
  18 \details{
  19   Let x be a continuous character.
  20   If it evolves according to a Brownian model, its value at time t follows a normal law with mean x0 and variance t*sigma\_x,
  21   where x0 is the value of the character at time 0, and sigma\_x is the 'inner' variance of the character.
  22   The evolution of a continuous character is performed by letting the character evolve on each branch, from its ancestral root state.
  23   The final state of a branch is the ancestral states of the daughter branches, and so on.
  24 }
  25 \value{
  26   An object of class 'ancestral', inheriting from the 'phylo' class. The
  27   following components are added:
  28
  29   \item{node.character}{a data.frame with node ids as rownames and one
  30     column by character, containing all the inner node values for each
  31     character.}
  32   \item{tip.character}{a data.frame with tip ids as rownames and one
  33     column by character, containing all the tip values for each
  34     character.}
  35 }
  36 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}}
  37 \seealso{
  38   \code{\link{plot.ancestral}}, \code{\link{ace}}
  39 }
  40 \examples{
  41 data(bird.orders)
  42 x <- rep(0, 5)
  43 names(x) <- c("A", "B", "C", "D", "E")
  44 anc1 <- evolve.phylo(bird.orders, x, 1)
  45 anc2 <- evolve.phylo(bird.orders, x, 1)
  46 cor(anc1$tip.character, anc2$tip.character)
  47 }
  48 \keyword{models}