man/edges.Rd

   1 \name{edges}
   2 \alias{edges}
   3 \alias{fancyarrows}
   4 \title{Draw Additional Edges on a Plotted Tree}
   5 \description{
   6   \code{edges} draws edges on a plotted tree. \code{fancyarrows}
   7   enhances \code{\link[graphics]{arrows}} with triangle and harpoon
   8   heads; it can be called from \code{edges}.
   9 }
  10 \usage{
  11 edges(nodes0, nodes1, arrows = 0, type = "classical", ...)
  12 fancyarrows(x0, y0, x1, y1, length = 0.25, angle = 30, code = 2,
  13             col = par("fg"), lty = par("lty"), lwd = par("lwd"),
  14             type = "triangle", ...)
  15 }
  16 \arguments{
  17   \item{nodes0, nodes1}{vectors of integers giving the tip and/or node
  18     numbers where to start and to end the edges (eventually recycled).}
  19   \item{arrows}{an integer between 0 and 3; 0: lines (the default); 1:
  20     an arrow head is drawn at \code{nodes0}; 2: at \code{nodes1}; 3:
  21     both.}
  22   \item{type}{if the previous argument is not 0, the type of arrow head:
  23     \code{"classical"} (just lines, the default), \code{"triangle"},
  24     \code{"harpoon"}, or any unambiguous abbreviations of these. For
  25     \code{fancyarrows} only the last two are available.}
  26   \item{x0, y0, x1, y1}{the coordinates of the start and end points for
  27     \code{fancyarrows} (these are not recycled and so should be vectors
  28     of the same length).}
  29   \item{length, angle, code, col, lty, lwd}{default options similar to
  30     those of \code{\link[graphics]{arrows}}.}
  31   \item{\dots}{further arguments passed to \code{\link[graphics]{segments}}.}
  32 }
  33 \details{
  34   The first function is helpful when drawing reticulations on a phylogeny,
  35   especially if computed from the edge matrix.
  36 }
  37 \author{Emmanuel Paradis}
  38 \seealso{
  39   \code{\link{plot.phylo}}, \code{\link{nodelabels}}
  40 }
  41 \examples{
  42 set.seed(2)
  43 tr <- rcoal(6)
  44 plot(tr, "c")
  45 edges(10, 9, col = "red", lty = 2)
  46 edges(10:11, 8, col = c("blue", "green")) # recycling of 'nodes1'
  47 edges(1, 2, lwd = 2, type = "h", arrows = 3, col = "green")
  48 nodelabels()
  49 }
  50 \keyword{aplot}