man/diversity.contrast.test.Rd

   1 \name{diversity.contrast.test}
   2 \alias{diversity.contrast.test}
   3 \title{Diversity Contrast Test}
   4 \description{
   5   This function performs the diversity contrast test comparing pairs of
   6   sister-clades.
   7 }
   8 \usage{
   9 diversity.contrast.test(x, method = "ratiolog",
  10         alternative = "two.sided", nrep = 0, ...)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{x}{a matrix or a data frame with at least two columns: the first
  14     one gives the number of species in clades with a trait supposed to
  15     increase or decrease diversification rate, and the second one the
  16     number of species in the sister-clades without the trait. Each row
  17     represents a pair of sister-clades.}
  18   \item{method}{a character string specifying the kind of test:
  19     \code{"ratiolog"} (default), \code{"proportion"},
  20     \code{"difference"}, \code{"logratio"}, or any unambiguous
  21     abbreviation of these.}
  22   \item{alternative}{a character string defining the alternative
  23     hypothesis:  \code{"two.sided"} (default),  \code{"less"},
  24     \code{"greater"}, or any unambiguous abbreviation of these.}
  25   \item{nrep}{the number of replications of the randomization test; by
  26     default, a Wilcoxon test is done.}
  27   \item{\dots}{arguments passed to the function
  28     \code{\link[stats]{wilcox.test}}.}
  29 }
  30 \details{
  31   If \code{method = "ratiolog"}, the test described in Barraclough et
  32   al. (1996) is performed. If \code{method = "proportion"}, the version
  33   in Barraclough et al. (1995) is used. If \code{method = "difference"},
  34   the signed difference is used (Sargent 2004). If \code{method = "logratio"},
  35   then this is Wiegmann et al.'s (1993) version. These
  36   four tests are essentially different versions of the same test (Vamosi
  37   and Vamosi 2005, Vamosi 2007). See Paradis (2012) for a comparison of
  38   their statistical performance with other tests.
  39
  40   If \code{nrep = 0}, a Wilcoxon test is done on the species diversity
  41   contrasts with the null hypothesis is that they are distributed around
  42   zero. If \code{nrep > 0}, a randomization procedure is done where the
  43   signs of the diversity contrasts are randomly chosen. This is used to
  44   create a distribution of the test statistic which is compared with the
  45   observed value (the sum of the diversity contrasts).
  46 }
  47 \value{
  48   a single numeric value with the \emph{P}-value.
  49 }
  50 \references{
  51   Barraclough, T. G., Harvey, P. H. and  Nee, S. (1995) Sexual
  52   selection and taxonomic diversity in passerine birds.
  53   \emph{Proceedings of the Royal Society of London. Series B. Biological
  54     Sciences}, \bold{259}, 211--215.
  55
  56   Barraclough, T. G., Harvey, P. H., and Nee,  S. (1996) Rate of
  57   \emph{rbc}L gene sequence evolution and species diversification in
  58   flowering plants (angiosperms). \emph{Proceedings of the Royal Society
  59     of London. Series B. Biological Sciences}, \bold{263}, 589--591.
  60
  61   Paradis, E. (2012) Shift in diversification in sister-clade
  62   comparisons: a more powerful test. \emph{Evolution}, \bold{66},
  63   288--295.
  64
  65   Sargent, R. D. (2004) Floral symmetry affects speciation rates in
  66   angiosperms. \emph{Proceedings of the Royal Society of London. Series
  67   B. Biological Sciences}, \bold{271}, 603--608.
  68
  69   Vamosi, S. M. (2007) Endless tests: guidelines for analysing non-nested
  70   sister-group comparisons. An addendum. \emph{Evolutionary Ecology
  71   Research}, \bold{9}, 717.
  72
  73   Vamosi, S. M. and Vamosi, J. C. (2005) Endless tests: guidelines for
  74   analysing non-nested sister-group comparisons. \emph{Evolutionary
  75   Ecology Research}, \bold{7}, 567--579.
  76
  77   Wiegmann, B., Mitter, C. and Farrell, B. 1993. Diversification of
  78   carnivorous parasitic insects: extraordinary radiation or specialized
  79   dead end? \emph{American Naturalist}, \bold{142}, 737--754.
  80 }
  81 \author{Emmanuel Paradis}
  82 \seealso{
  83   \code{\link{slowinskiguyer.test}}, \code{\link{mcconwaysims.test}}
  84   \code{\link{richness.yule.test}}
  85 }
  86 \examples{
  87 ### data from Vamosi & Vamosi (2005):
  88 fleshy <- c(1, 1, 1, 1, 1, 3, 3, 5, 9, 16, 33, 40, 50, 100, 216, 393, 850, 947,1700)
  89 dry <- c(2, 64, 300, 89, 67, 4, 34, 10, 150, 35, 2, 60, 81, 1, 3, 1, 11, 1, 18)
  90 x <- cbind(fleshy, dry)
  91 diversity.contrast.test(x)
  92 diversity.contrast.test(x, alt = "g")
  93 diversity.contrast.test(x, alt = "g", nrep = 1e4)
  94 slowinskiguyer.test(x)
  95 mcconwaysims.test(x)
  96 }
  97 \keyword{htest}