man/diversity.contrast.test.Rd

   1 \name{diversity.contrast.test}
   2 \alias{diversity.contrast.test}
   3 \title{Diversity Contrast Test}
   4 \description{
   5   This function performs the diversity contrast test comparing pairs of
   6   sister-clades.
   7 }
   8 \usage{
   9 diversity.contrast.test(x, method = "ratiolog",
  10         alternative = "two.sided", nrep = 0, ...)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{x}{a matrix or a data frame with at least two columns: the first
  14     one gives the number of species in clades with a trait supposed to
  15     increase or decrease diversification rate, and the second one the number of
  16     species in the sister-clades without the trait. Each
  17     row represents a pair of sister-clades.}
  18   \item{method}{a character string specifying the kind of test: \code{"ratiolog"} (default),
  19     \code{"proportion"}, \code{"difference"}, or any unambiguous
  20     abbreviation of these.}
  21   \item{alternative}{a character string defining the alternative
  22     hypothesis:  \code{"two.sided"} (default),  \code{"less"},
  23     \code{"greater"}, or any unambiguous abbreviation of these.}
  24   \item{nrep}{the number of replications of the randomization test; by
  25     default, a Wilcoxon test is done.}
  26   \item{\dots}{arguments passed to the function \code{\link[stats]{wilcox.test}}.}
  27 }
  28 \details{
  29   If \code{method = "ratiolog"}, the test described in Barraclough et
  30   al. (1996) is performed. If \code{method = "proportion"}, the version
  31   in Barraclough et al. (1995) is used. If \code{method = "difference"},
  32   then this is Wiegmann et al.'s (1993) version. Vamosi and Vamosi (2005)
  33   gave a detailed account of these three tests which are essentially
  34   different versions of the same test.
  35
  36   If \code{nrep = 0}, a Wilcoxon test is done on the species diversity
  37   contrasts with the null hypothesis is that they are distributed around
  38   zero. If \code{nrep > 0}, a randomization procedure is done where the
  39   signs of the diversity contrasts are randomly chosen. This is used to
  40   create a distribution of the test statistic which is compared with the
  41   observed value (the sum of the diversity contrasts).
  42 }
  43 \value{
  44   a single numeric value with the \emph{P}-value.
  45 }
  46 \references{
  47   Barraclough, T. G., Harvey, P. H. and  Nee, S. (1995) Sexual
  48   selection and taxonomic diversity in passerine birds.
  49   \emph{Proceedings of the Royal Society of London. Series B. Biological
  50     Sciences}, \bold{259}, 211--215.
  51
  52   Barraclough, T. G., Harvey, P. H., and Nee,  S. (1996) Rate of
  53   \emph{rbc}L gene sequence evolution and species diversification in
  54   flowering plants (angiosperms). \emph{Proceedings of the Royal Society
  55   of London. Series B. Biological Sciences}, \bold{263}, 589--591.
  56
  57   Vamosi, S. M. and Vamosi, J. C. (2005) Endless tests: guidelines for
  58   analysing non-nested sister-group comparisons. \emph{Evolutionary
  59   Ecology Research}, \bold{7}, 567--579.
  60
  61   Wiegmann, B., Mitter, C. and Farrell, B. 1993. Diversification of
  62   carnivorous parasitic insects: extraordinary radiation or specialized
  63   dead end? \emph{American Naturalist}, \bold{142}, 737--754.
  64 }
  65 \author{Emmanuel Paradis}
  66 \seealso{
  67   \code{\link{slowinskiguyer.test}}, \code{\link{mcconwaysims.test}}
  68   \code{\link{richness.yule.test}}
  69 }
  70 \examples{
  71 ### data from Vamosi & Vamosi (2005):
  72 fleshy <- c(1, 1, 1, 1, 1, 3, 3, 5, 9, 16, 33, 40, 50, 100, 216, 393, 850, 947,1700)
  73 dry <- c(2, 64, 300, 89, 67, 4, 34, 10, 150, 35, 2, 60, 81, 1, 3, 1, 11, 1, 18)
  74 x <- cbind(fleshy, dry)
  75 diversity.contrast.test(x)
  76 diversity.contrast.test(x, alt = "g")
  77 diversity.contrast.test(x, alt = "g", nrep = 1e4)
  78 slowinskiguyer.test(x)
  79 mcconwaysims.test(x)
  80 }
  81 \keyword{htest}