man/dist.topo.Rd

   1 \name{dist.topo}
   2 \alias{dist.topo}
   3 \title{Topological Distances Between Two Trees}
   4 \usage{
   5 dist.topo(x, y, method = "PH85")
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{y}{an object of class \code{"phylo"}.}
  10   \item{method}{a character string giving the method to be used: either
  11     \code{"PH85"}, or \code{"BHV01"}.}
  12 }
  13 \description{
  14   This function computes the topological distance between two
  15   phylogenetic trees using different methods.
  16 }
  17 \value{
  18   a single numeric value.
  19 }
  20 \details{
  21   Two methods are available: the one by Penny and Hendy (1985), and the
  22   one by Billera et al. (2001).
  23
  24   The topological distance is defined as twice the number of internal
  25   branches defining different bipartitions of the tips (Penny and Hendy
  26   1985). Rzhetsky and Nei (1992) proposed a modification of the original
  27   formula to take multifurcations into account.
  28
  29   Billera et al. (2001) developed a distance from the geometry of a tree
  30   space. The distance between two trees can be seen as the sum of the
  31   branch lengths that need be erased to have two similar trees.
  32 }
  33 \references{
  34   Billera, L. J., Holmes, S. P. and Vogtmann, K. (2001) Geometry of the
  35   space of phylogenetic trees. \emph{Advances in Applied Mathematics},
  36   \bold{27}, 733--767.
  37
  38   Nei, M. and Kumar, S. (2000) \emph{Molecular evolution and
  39   phylogenetics}. Oxford: Oxford University Press.
  40
  41   Penny, D. and Hendy, M. D. (1985) The use of tree comparison
  42   metrics. \emph{Systemetic Zoology}, \bold{34}, 75--82.
  43
  44   Rzhetsky, A. and Nei, M. (1992) A simple method for estimating and
  45   testing minimum-evolution trees. \emph{Molecular Biology and
  46     Evolution}, \bold{9}, 945--967.
  47 }
  48 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  49 \seealso{
  50   \code{\link{read.tree}} to read tree files in Newick format,
  51   \code{\link{cophenetic.phylo}}, \code{\link{prop.part}}
  52 }
  53 \examples{
  54 ta <- rtree(30)
  55 tb <- rtree(30)
  56 dist.topo(ta, ta) # = 0
  57 dist.topo(ta, tb) # This is unlikely to be 0 !
  58 }
  59 \keyword{manip}