man/dist.topo.Rd

   1 \name{dist.topo}
   2 \alias{dist.topo}
   3 \title{Topological Distances Between Two Trees}
   4 \usage{
   5 dist.topo(x, y, method = "PH85")
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{y}{an object of class \code{"phylo"}.}
  10   \item{method}{a character string giving the method to be used: either
  11     \code{"PH85"}, or \code{"score"}.}
  12 }
  13 \description{
  14   This function computes the topological distance between two
  15   phylogenetic trees using different methods.
  16 }
  17 \value{
  18   a single numeric value.
  19 }
  20 \details{
  21   Two methods are available: the one by Penny and Hendy (1985), and the
  22   branch length score by Kuhner and Felsenstein (1994).
  23
  24   The topological distance is defined as twice the number of internal
  25   branches defining different bipartitions of the tips (Penny and Hendy
  26   1985). Rzhetsky and Nei (1992) proposed a modification of the original
  27   formula to take multifurcations into account.
  28
  29   The branch length score may be seen as similar to the previous
  30   distance but taking branch lengths into account. Kuhner and
  31   Felsenstein (1994) proposed to calculate the square root of the sum of
  32   the squared differences of the (internal) branch lengths defining
  33   similar bipartitions (or splits) in both trees.
  34 }
  35 \note{
  36   The geodesic distance of Billera et al. (2001) has been disabled.
  37 }
  38 \references{
  39   Billera, L. J., Holmes, S. P. and Vogtmann, K. (2001) Geometry of the
  40   space of phylogenetic trees. \emph{Advances in Applied Mathematics},
  41   \bold{27}, 733--767.
  42
  43   Kuhner, M. K. and Felsenstein, J. (1994) Simulation comparison of
  44   phylogeny algorithms under equal and unequal evolutionary rates.
  45   \emph{Molecular Biology and Evolution}, \bold{11}, 459--468.
  46
  47   Nei, M. and Kumar, S. (2000) \emph{Molecular evolution and
  48   phylogenetics}. Oxford: Oxford University Press.
  49
  50   Penny, D. and Hendy, M. D. (1985) The use of tree comparison
  51   metrics. \emph{Systemetic Zoology}, \bold{34}, 75--82.
  52
  53   Rzhetsky, A. and Nei, M. (1992) A simple method for estimating and
  54   testing minimum-evolution trees. \emph{Molecular Biology and
  55     Evolution}, \bold{9}, 945--967.
  56 }
  57 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  58 \seealso{
  59   \code{\link{read.tree}} to read tree files in Newick format,
  60   \code{\link{cophenetic.phylo}}, \code{\link{prop.part}}
  61 }
  62 \examples{
  63 ta <- rtree(30)
  64 tb <- rtree(30)
  65 dist.topo(ta, ta) # = 0
  66 dist.topo(ta, tb) # This is unlikely to be 0 !
  67 }
  68 \keyword{manip}