man/delta.plot.Rd

   1 \name{delta.plot}
   2 \alias{delta.plot}
   3 \title{Delta Plots}
   4 \usage{
   5 delta.plot(X, k = 20, plot = TRUE, which = 1:2)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{X}{a distance matrix, may be an object of class ``dist''.}
   9   \item{k}{an integer giving the number of intervals in the plot.}
  10   \item{plot}{a logival specifying whether to draw the
  11     \eqn{\delta}{delta} plot (the default).}
  12   \item{which}{a numeric vector indicating which plots are done; 1: the
  13     histogram of the \eqn{\delta_q}{delta_q} values, 2: the plot of the
  14     individual \eqn{\bar{\delta}}{delta.bar} values. By default, both
  15     plots are done.}
  16 }
  17 \description{
  18   This function makes a \eqn{\delta}{delta} plot following Holland et
  19   al. (2002).
  20 }
  21 \details{
  22   See Holland et al. (2002) for details and interpretation.
  23
  24   The computing time of this function is proportional to the fourth
  25   power of the number of observations (\eqn{O(n^4)}), so calculations
  26   may be very long with only a slight increase in sample size.
  27 }
  28 \value{
  29   This function returns invisibly a named list with two componente:
  30
  31   \itemize{
  32     \item{counts}{the counts for the histogram of
  33     \eqn{\delta_q}{delta_q} values}
  34     \item{delta.bar}{the mean \eqn{\delta}{delta} value for each
  35     observation}
  36   }
  37 }
  38 \references{
  39   Holland, B. R., Huber, K. T., Dress, A. and Moulton, V. (2002) Delta
  40   plots: a tool for analyzing phylogenetic distance data.
  41   \emph{Molecular Biology and Evolution}, \bold{12}, 2051--2059.
  42 }
  43 \author{Emmanuel Paradis}
  44 \seealso{
  45   \code{\link{dist.dna}}
  46 }
  47 \examples{
  48 data(woodmouse)
  49 d <- dist.dna(woodmouse)
  50 delta.plot(d)
  51 delta.plot(d, 40, which = 1)
  52 }
  53 \keyword{hplot}