man/del.gaps.Rd

   1 \name{del.gaps}
   2 \alias{del.gaps}
   3 \title{
   4   Delete Alignment Gaps in DNA Sequences
   5 }
   6 \usage{
   7 del.gaps(x)
   8 }
   9 \arguments{
  10   \item{x}{a matrix, a list, or a vector containing the DNA sequences.}
  11 }
  12 \description{
  13   This function removes the insertion gaps (\code{"-"}) in a sample of
  14   DNA sequences.
  15 }
  16 \details{
  17   The sequences can be either in \code{"DNAbin"} or in character format,
  18   but the returned object is always of class \code{"DNAbin"}. If
  19   \code{x} is a vector, then a vector is returned; if it is a list or a
  20   matrix, then a list is returned.
  21 }
  22 \value{
  23   A vector (if there is only one input sequence) or a list of class
  24   \code{"DNAbin"}.
  25 }
  26 \author{Emmanuel Paradis}
  27 \seealso{
  28   \code{\link{base.freq}}, \code{\link{GC.content}},
  29   \code{\link{theta.s}}, \code{\link{nuc.div}}, \code{\link{seg.sites}},
  30   \code{\link{image.DNAbin}}
  31 }
  32 \keyword{univar}