man/corClasses.Rd

   1 \name{corClasses}
   2 \alias{corClasses}
   3 \alias{corPhyl}
   4 \title{Phylogenetic Correlation Structures}
   5 \description{
   6   Standard classes of phylogenetic correlation structures (\code{corPhyl}) available in \pkg{ape}.
   7 }
   8 \value{
   9         Available standard classes:
  10         \item{corBrownian}{Brownian model (Felsenstein 1985),}
  11         \item{corMartins}{The covariance matrix defined in Martins and Hansen (1997),}
  12         \item{corGrafen}{The covariance matrix defined in Grafen (1989).}
  13         See classes documentation for reference and detailed description.
  14 }
  15 \seealso{
  16         \code{\link[nlme]{corClasses}} and \code{\link[nlme]{gls}} in the \pkg{nlme} librarie,
  17         \code{\link{corBrownian}}, \code{\link{corMartins}}, \code{\link{corGrafen}}.
  18 }
  19 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}}
  20 \examples{
  21 library(nlme)
  22 cat("((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,",
  23 "Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62):0.38,Galago:1.00);",
  24 file = "ex.tre", sep = "\n")
  25 tree.primates <- read.tree("ex.tre")
  26 X <- c(4.09434, 3.61092, 2.37024, 2.02815, -1.46968)
  27 Y <- c(4.74493, 3.33220, 3.36730, 2.89037, 2.30259)
  28 unlink("ex.tre") # delete the file "ex.tre"
  29 m1 <- gls(Y~X, correlation=corBrownian(1, tree.primates))
  30 summary(m1)
  31 m2 <- gls(Y~X, correlation=corMartins(1, tree.primates))
  32 summary(m2)
  33 corMatrix(m2$modelStruct$corStruct)
  34 m3 <- gls(Y~X, correlation=corGrafen(1, tree.primates))
  35 summary(m3)
  36 corMatrix(m3$modelStruct$corStruct)
  37 }
  38 \keyword{models}
  39