man/corBlomberg.Rd

   1 \name{corBlomberg}
   2 \alias{corBlomberg}
   3 \alias{coef.corBlomberg}
   4 \alias{corMatrix.corBlomberg}
   5 \title{Blomberg et al.'s Correlation Structure}
   6 \usage{
   7 corBlomberg(value, phy, form = ~1, fixed = FALSE)
   8 \method{corMatrix}{corBlomberg}(object, covariate = getCovariate(object),
   9                    corr = TRUE, ...)
  10 \method{coef}{corBlomberg}(object, unconstrained = TRUE, \dots)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{value}{the (initial) value of the parameter \eqn{g}{g}.}
  14   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  15   \item{form}{(ignored).}
  16   \item{fixed}{a logical specifying whether \code{gls} should
  17     estimate \eqn{\gamma}{gamma} (the default) or keep it fixed.}
  18   \item{object}{an (initialized) object of class \code{"corBlomberg"}.}
  19   \item{covariate}{(ignored).}
  20   \item{corr}{a logical value specifying whether to return the
  21     correlation matrix (the default) or the variance-covariance matrix.}
  22   \item{unconstrained}{a logical value. If \code{TRUE} (the default),
  23     the coefficients are returned in unconstrained form (the same used
  24     in the optimization algorithm). If \code{FALSE} the coefficients are
  25     returned in ``natural'', possibly constrained, form.}
  26   \item{\dots}{further arguments passed to or from other methods.}
  27 }
  28 \description{
  29   The ``ACDC'' (accelerated/decelerated) model assumes that continuous
  30   traits evolve under a Brownian motion model which rates accelerates
  31   (if \eqn{g}{g} < 1) or decelerates (if \eqn{g}{g} > 1) through
  32   time. If \eqn{g}{g} = 1, then the model reduces to a Brownian motion
  33   model.
  34 }
  35 \value{
  36   an object of class \code{"corBlomberg"}, the coefficients from an
  37   object of this class, or the correlation matrix of an initialized
  38   object of this class. In most situations, only \code{corBlomberg} will
  39   be called by the user.
  40 }
  41 \author{Emmanuel Paradis}
  42 \references{
  43   Blomberg, S. P., Garland, Jr, T., and Ives, A. R. (2003) Testing for
  44   phylogenetic signal in comparative data: behavioral traits are more
  45   labile. \emph{Evolution}, \bold{57}, 717--745.
  46 }
  47 \keyword{models}