man/cophenetic.phylo.Rd

   1 \name{cophenetic.phylo}
   2 \alias{cophenetic.phylo}
   3 \alias{dist.nodes}
   4 \title{Pairwise Distances from a Phylogenetic Tree}
   5 \usage{
   6 \method{cophenetic}{phylo}(x)
   7 dist.nodes(x)
   8 }
   9 \arguments{
  10   \item{x}{an object of class \code{"phylo"}.}
  11 }
  12 \description{
  13   \code{cophenetic.phylo} computes the pairwise distances between the
  14   pairs of tips from a phylogenetic tree using its branch lengths.
  15
  16   \code{dist.nodes} does the same but between all nodes, internal and
  17   terminal, of the tree.
  18 }
  19 \value{
  20   a numeric matrix with colnames and rownames set to the names of the
  21   tips (as given by the element \code{tip.label} of the argument
  22   \code{phy}), or, in the case of \code{dist.nodes}, the numbers of the
  23   tips and the nodes (as given by the element \code{edge}).
  24 }
  25 \author{Emmanuel Paradis}
  26 \seealso{
  27   \code{\link{read.tree}} to read tree files in Newick format,
  28   \code{\link[stats]{cophenetic}} for the generic function
  29 }
  30 \keyword{manip}