man/consensus.Rd

   1 \name{consensus}
   2 \alias{consensus}
   3 \title{Concensus Trees}
   4 \usage{
   5 consensus(..., p = 1, check.labels = TRUE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{\dots}{either (i) a single object of class \code{"phylo"}, (ii) a
   9     series of such objects separated by commas, or (iii) a list
  10     containing such objects.}
  11   \item{p}{a numeric value between 0.5 and 1 giving the proportion for a
  12     clade to be represented in the consensus tree.}
  13   \item{check.labels}{a logical specifying whether to check the labels
  14     of each tree. If \code{FALSE} (the default), it is assumed that all
  15     trees have the same tip labels, and that they are in the same order
  16     (see details).}
  17 }
  18 \description{
  19   Given a series of trees, this function returns the consensus tree. By
  20   default, the strict-consensus tree is computed. To get the
  21   majority-rule consensus tree, use \code{p = 0.5}. Any value between
  22   0.5 and 1 can be used.
  23 }
  24 \details{
  25   Using \code{check.labels = FALSE} results in
  26   considerable decrease in computing times. This requires that all
  27   trees have the same tip labels, \emph{and} these labels are
  28   ordered similarly in all trees (in other words, the element
  29   \code{tip.label} are identical in all trees).
  30 }
  31 \value{
  32   an object of class \code{"phylo"}.
  33 }
  34 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  35 \seealso{
  36   \code{\link{prop.part}}, \code{\link{dist.topo}}
  37 }
  38 \keyword{manip}