man/compar.cheverud.Rd

   1 \name{compar.cheverud}
   2 \alias{compar.cheverud}
   3 \title{Cheverud's Comparative Method}
   4 \description{
   5   This function computes the phylogenetic variance component and the
   6   residual deviation for continous characters, taking into account the
   7   phylogenetic relationships among species, following the comparative
   8   method described in Cheverud et al. (1985). The correction proposed by
   9   Rholf (2001) is used.
  10 }
  11 \usage{
  12 compar.cheverud(y, W, tolerance = 1e-06, gold.tol = 1e-04)
  13 }
  14 \arguments{
  15   \item{y}{A vector containing the data to analyse.}
  16   \item{W}{The phylogenetic connectivity matrix. All diagonal elements
  17     will be ignored.}
  18   \item{tolerance}{Minimum difference allowed to consider eigenvalues as
  19     distinct.}
  20   \item{gold.tol}{Precision to use in golden section search alogrithm.}
  21 }
  22 \details{
  23   Model: \deqn{y = \rho W y + e}{y = rho.W.y + e}
  24
  25   where \eqn{e}{e} is the error term, assumed to be normally distributed.
  26   \eqn{\rho}{rho} is estimated by the maximum likelihood procedure given
  27   in Rohlf (2001), using a golden section search algorithm. The code of
  28   this function is indeed adapted from a MatLab code given in appendix
  29   in Rohlf's article, to correct a mistake in Cheverud's original paper.
  30 }
  31 \value{
  32   A list with the following components:
  33
  34   \item{rhohat}{The maximum likelihood estimate of \eqn{\rho}{rho}}
  35   \item{Wnorm}{The normalized version of \code{W}}
  36   \item{residuals}{Error terms (\eqn{e}{e})}
  37 }
  38 \references{
  39   Cheverud, J. M., Dow, M. M. and Leutenegger, W. (1985) The quantitative
  40   assessment of phylogenetic constraints in comparative analyses: sexual
  41   dimorphism in body weight among primates. \emph{Evolution},
  42   \bold{39}, 1335--1351.
  43
  44   Rohlf, F. J. (2001) Comparative methods for the analysis of continuous
  45   variables: geometric interpretations. \emph{Evolution}, \bold{55},
  46   2143--2160.
  47
  48   Harvey, P. H. and Pagel, M. D. (1991) \emph{The Comparative Method in
  49     Evolutionary Biology}. Oxford University Press.
  50 }
  51 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}}
  52 \seealso{\code{\link{compar.lynch}}}
  53 \examples{
  54 ### Example from Harvey and Pagel's book:
  55 y<-c(10,8,3,4)
  56 W <- matrix(c(1,1/6,1/6,1/6,1/6,1,1/2,1/2,1/6,1/2,1,1,1/6,1/2,1,1), 4)
  57 compar.cheverud(y,W)
  58 ### Example from Rohlf's 2001 article:
  59 W<- matrix(c(
  60   0,1,1,2,0,0,0,0,
  61   1,0,1,2,0,0,0,0,
  62   1,1,0,2,0,0,0,0,
  63   2,2,2,0,0,0,0,0,
  64   0,0,0,0,0,1,1,2,
  65   0,0,0,0,1,0,1,2,
  66   0,0,0,0,1,1,0,2,
  67   0,0,0,0,2,2,2,0
  68 ),8)
  69 W <- 1/W
  70 W[W == Inf] <- 0
  71 y<-c(-0.12,0.36,-0.1,0.04,-0.15,0.29,-0.11,-0.06)
  72 compar.cheverud(y,W)
  73 }
  74 \keyword{regression}