man/chronogram.Rd

   1 \name{chronogram}
   2 \alias{chronogram}
   3
   4 \title{Chronogram Computed by Nonparametric Rate Smoothing}
   5 \usage{
   6 chronogram(phy, scale = 1, expo = 2, minEdgeLength = 1e-06)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{A phylogenetic tree (i.e. an object of class
  10     \code{"phylo"}), where the branch lengths are measured in substitutions.}
  11   \item{scale}{Age of the root in the inferred chronogram (default value: 0). }
  12   \item{expo}{Exponent in the objective function (default value: 2)}
  13   \item{minEdgeLength}{Minimum edge length in the phylogram (default
  14     value: 1e-06). If any branch lengths are smaller then they will be
  15     set to this value.}
  16 }
  17 \description{
  18  \code{chronogram} computes a chronogram from a phylogram by applying the NPRS
  19  (nonparametric rate smoothing) algorithm described in Sanderson (1997).
  20 }
  21 \details{
  22   Please refer to Sanderson (1997) for mathematical details
  23 }
  24 \value{
  25 \code{chronogram} returns an object of class \code{"phylo"}. The branch lengths of this
  26 tree will be clock-like and scaled so that the root node has age 1 (or the value
  27 set by the option \code{scale}
  28 }
  29 \author{
  30   Gangolf Jobb (\url{http://www.treefinder.de}) and
  31 Korbinian Strimmer (\url{http://www.stat.uni-muenchen.de/~strimmer/})
  32 }
  33 \seealso{
  34 \code{\link{ratogram}}, \code{\link{NPRS.criterion}}.
  35 }
  36 \references{
  37   Sanderson, M. J. (1997) A nonparametric approach to estimating
  38     divergence times in the absence of rate constancy. \emph{Molecular
  39     Biology and Evolution}, \bold{14}, 1218--1231.
  40 }
  41 \examples{
  42 # get tree
  43 data("landplants.newick") # example tree in NH format
  44 tree.landplants <- read.tree(text = landplants.newick)
  45
  46 # plot tree
  47 tree.landplants
  48 plot(tree.landplants, label.offset = 0.001)
  49
  50 # estimate chronogram
  51 chrono.plants <- chronogram(tree.landplants)
  52
  53 # plot
  54 plot(chrono.plants, label.offset = 0.001)
  55
  56 # value of NPRS function for our estimated chronogram
  57 NPRS.criterion(tree.landplants, chrono.plants)
  58 }
  59 \keyword{manip}