man/chronoMPL.Rd

   1 \name{chronoMPL}
   2 \alias{chronoMPL}
   3 \title{Molecular Dating With Mean Path Lengths}
   4 \usage{
   5 chronoMPL(phy, se = TRUE, test = TRUE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{se}{a logical specifying whether to compute the standard-errors
  10     of the node ages (\code{TRUE} by default).}
  11   \item{test}{a logical specifying whether to test the molecular clock
  12     at each node (\code{TRUE} by default).}
  13 }
  14 \description{
  15   This function estimates the node ages of a tree using the mean path
  16   lengths method of Britton et al. (2002). The branch lengths of the
  17   input tree are interpreted as (mean) numbers of substitutions.
  18 }
  19 \details{
  20   The mean path lengths (MPL) method estimates the age of a node with
  21   the mean of the distances from this node to all tips descending from
  22   it. Under the assumption of a molecular clock, standard-errors of the
  23   estimates node ages can be computed (Britton et al. 2002).
  24
  25   The tests performed if \code{test = TRUE} is a comparison of the MPL
  26   of the two subtrees originating from a node; the null hypothesis is
  27   that the rate of substitution was the same in both subtrees (Britton
  28   et al. 2002). The test statistic follows, under the null hypothesis, a
  29   standard normal distribution. The returned \emph{P}-value is the
  30   probability of observing a greater absolute value (i.e., a two-sided
  31   test). No correction for multiple testing is applied: this is left to
  32   the user.
  33
  34   Absolute dating can be done by multiplying the edge lengths found by
  35   calibrating one node age.
  36 }
  37 \note{
  38   The present version requires a dichotomous tree.
  39 }
  40 \value{
  41   an object of class \code{"phylo"} with branch lengths as estimated by
  42   the function. There are, by default, two attributes:
  43
  44   \item{stderr}{the standard-errors of the node ages.}
  45   \item{Pval}{the \emph{P}-value of the test of the molecular clock for
  46     each node.}
  47 }
  48 \references{
  49   Britton, T., Oxelman, B., Vinnersten, A. and Bremer, K. (2002)
  50   Phylogenetic dating with confidence intervals using mean path
  51   lengths. \emph{Molecular Phylogenetics and Evolution}, \bold{24},
  52   58--65.
  53 }
  54 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  55 \seealso{
  56   \code{\link{chronogram}}, \code{\link{ratogram}},
  57   \code{\link{NPRS.criterion}}, \code{\link{chronopl}}
  58 }
  59 \examples{
  60 tr <- rtree(10)
  61 tr$edge.length <- 5*tr$edge.length
  62 chr <- chronoMPL(tr)
  63 layout(matrix(1:4, 2, 2, byrow = TRUE))
  64 plot(tr)
  65 title("The original tree")
  66 plot(chr)
  67 axisPhylo()
  68 title("The dated MPL tree")
  69 plot(chr)
  70 nodelabels(round(attr(chr, "stderr"), 3))
  71 title("The standard-errors")
  72 plot(tr)
  73 nodelabels(round(attr(chr, "Pval"), 3))
  74 title("The tests")
  75 }
  76 \keyword{models}