man/cherry.Rd

   1 \name{cherry}
   2 \alias{cherry}
   3 \title{Number of Cherries and Null Models of Trees}
   4 \usage{
   5 cherry(phy)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9 }
  10 \description{
  11   This function calculates the number of cherries (see definition below)
  12   on a phylogenetic tree, and tests the null hypotheses whether this
  13   number agrees with those predicted from two null models of trees (the
  14   Yule model, and the uniform model).
  15 }
  16 \value{
  17   A NULL value is returned, the results are simply printed.
  18 }
  19 \details{
  20   A cherry is a pair of adjacent tips on a tree. The tree can be either
  21   rooted or unrooted, but the present function considers only rooted
  22   trees. The probability distribution function of the number of cherries
  23   on a tree depends on the speciation/extinction model that generated
  24   the tree.
  25
  26   McKenzie and Steel (2000) derived the probability
  27   distribution function of the number of cherries for two models: the
  28   Yule model and the uniform model. Broadly, in the Yule model, each extant
  29   species is equally likely to split into two daughter-species; in the
  30   uniform model, a branch is added to tree on any of the already
  31   existing branches with a uniform probability.
  32
  33   The probabilities are computed using recursive formulae; however, for
  34   both models, the probability density function converges to a normal
  35   law with increasing number of tips in the tree. The function uses
  36   these normal approximations for a number of tips greater than or equal
  37   to 20.
  38 }
  39 \references{
  40   McKenzie, A. and Steel, M. (2000) Distributions of cherries for two
  41   models of trees. \emph{Mathematical Biosciences}, \bold{164}, 81--92.
  42 }
  43 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  44 \seealso{
  45   \code{\link{gammaStat}}
  46 }
  47 \keyword{univar}