man/birthdeath.Rd

   1 \name{birthdeath}
   2 \alias{birthdeath}
   3 \alias{print.birthdeath}
   4 \title{Estimation of Speciation and Extinction Rates With Birth-Death Models}
   5 \usage{
   6 birthdeath(phy)
   7 \method{print}{birthdeath}(x, ...)
   8 }
   9 \arguments{
  10   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  11   \item{x}{an object of class \code{"birthdeath"}.}
  12   \item{\dots}{further arguments passed to the \code{print} function.}
  13 }
  14 \description{
  15   This function fits by maximum likelihood a birth-death model to the
  16   branching times computed from a phylogenetic tree using the method of
  17   Nee et al. (1994).
  18 }
  19 \details{
  20   Nee et al. (1994) used a re-parametrization of the birth-death model
  21   studied by Kendall (1948) so that the likelihood has to be maximized
  22   over \emph{d/b} and \emph{b - d}, where \emph{b} is the birth rate,
  23   and \emph{d} the death rate. This is the approach used by the present
  24   function.
  25
  26   This function computes the standard-errors of the estimated parameters
  27   using a normal approximations of the maximum likelihood estimates:
  28   this is likely to be inaccurate because of asymmetries of the
  29   likelihood function (Nee et al. 1995). In addition, 95 % confidence
  30   intervals of both parameters are computed using profile likelihood:
  31   they are particularly useful if the estimate of \emph{d/b} is at the
  32   boundary of the parameter space (i.e. 0, which is often the case).
  33
  34   Note that the function does not check that the tree is effectively
  35   ultrametric, so if it is not, the returned result may not be meaningful.
  36 }
  37 \value{
  38   An object of class \code{"birthdeath"} which is a list with the
  39   following components:
  40   \item{tree}{the name of the tree analysed.}
  41   \item{N}{the number of species.}
  42   \item{dev}{the deviance (= -2 log lik) at its minimum.}
  43   \item{para}{the estimated parameters.}
  44   \item{se}{the corresponding standard-errors.}
  45   \item{CI}{the 95\% profile-likelihood confidence intervals.}
  46 }
  47 \references{
  48   Kendall, D. G. (1948) On the generalized ``birth-and-death''
  49   process. \emph{Annals of Mathematical Statistics}, \bold{19}, 1--15.
  50
  51   Nee, S., May, R. M. and Harvey, P. H. (1994) The reconstructed
  52   evolutionary process. \emph{Philosophical Transactions of the Royal
  53     Society of London. Series B. Biological Sciences}, \bold{344}, 305--311.
  54
  55   Nee, S., Holmes, E. C., May, R. M. and Harvey, P. H. (1995) Estimating
  56   extinctions from molecular phylogenies. in \emph{Extinction Rates},
  57   eds. Lawton, J. H. and May, R. M., pp. 164--182, Oxford University Press.
  58 }
  59 \author{Emmanuel Paradis}
  60 \seealso{
  61   \code{\link{branching.times}}, \code{\link{diversi.gof}},
  62   \code{\link{diversi.time}}, \code{\link{ltt.plot}},
  63   \code{\link{yule}}, \code{\link{bd.ext}}, \code{\link{yule.cov}},
  64   \code{\link{bd.time}}
  65 }
  66 \keyword{models}