man/bionj.Rd

   1 \name{BIONJ}
   2 \alias{bionj}
   3 \title{
   4   Tree Estimation Based on an Improved Version of the NJ Algorithm
   5 }
   6 \description{
   7   This function performs the BIONJ algorithm of Gascuel (1997).
   8 }
   9 \usage{
  10 bionj(X)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{X}{a distance matrix; may be an object of class \code{"dist"}.}
  14 }
  15 \value{
  16   an object of class \code{"phylo"}.
  17 }
  18 \references{
  19   Gascuel, O. (1997) BIONJ: an improved version of the NJ algorithm
  20   based on a simple model of sequence data.
  21   \emph{Molecular Biology and Evolution}, \bold{14:}, 685--695.
  22 }
  23 \author{
  24   original C code by Hoa Sien Cuong and Olivier Gascuel; adapted and
  25   ported to \R by Vincent Lefort \email{vincent.lefort@lirmm.fr}
  26 }
  27 \seealso{
  28   \code{\link{nj}}, \code{\link{fastme}},
  29   \code{\link{write.tree}}, \code{\link{read.tree}},
  30   \code{\link{dist.dna}}
  31 }
  32 \examples{
  33 ### From Saitou and Nei (1987, Table 1):
  34 x <- c(7, 8, 11, 13, 16, 13, 17, 5, 8, 10, 13,
  35        10, 14, 5, 7, 10, 7, 11, 8, 11, 8, 12,
  36        5, 6, 10, 9, 13, 8)
  37 M <- matrix(0, 8, 8)
  38 M[lower.tri(M)] <- x
  39 M <- t(M)
  40 M[lower.tri(M)] <- x
  41 dimnames(M) <- list(1:8, 1:8)
  42 tr <- bionj(M)
  43 plot(tr, "u")
  44 ### a less theoretical example
  45 data(woodmouse)
  46 trw <- bionj(dist.dna(woodmouse))
  47 plot(trw)
  48 }
  49 \keyword{models}
  50