man/bd.ext.Rd

   1 \name{bd.ext}
   2 \alias{bd.ext}
   3 \title{Extended Version of the Birth-Death Models to Estimate Speciation
   4   and Extinction Rates}
   5 \usage{
   6 bd.ext(phy, S)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  10   \item{S}{a numeric vector giving the number of species for each tip.}
  11 }
  12 \description{
  13   This function fits by maximum likelihood a birth-death model to the
  14   combined phylogenetic and taxonomic data of a given clade. The
  15   phylogenetic data are given by a tree, and the taxonomic data by the
  16   number of species for the its tips.
  17 }
  18 \details{
  19   A re-parametrization of the birth-death model studied by Kendall
  20   (1948) so that the likelihood has to be maximized over \emph{d/b} and
  21   \emph{b - d}, where \emph{b} is the birth rate, and \emph{d} the death
  22   rate.
  23
  24   The standard-errors of the estimated parameters are computed using a
  25   normal approximation of the maximum likelihood estimates.
  26
  27   If the argument \code{S} has names, then they are matched to the tip
  28   labels of \code{phy}. The user must be careful here since the function
  29   requires that both series of names perfectly match, so this operation
  30   may fail if there is a typing or syntax error. If both series of names
  31   do not match, the values \code{S} are taken to be in the same order
  32   than the tip labels of \code{phy}, and a warning message is issued.
  33
  34   Note that the function does not check that the tree is effectively
  35   ultrametric, so if it is not, the returned result may not be meaningful.
  36 }
  37 \references{
  38   Paradis, E. (2003) Analysis of diversification: combining phylogenetic
  39   and taxonomic data. \emph{Proceedings of the Royal Society of
  40     London. Series B. Biological Sciences}, \bold{270}, 2499--2505.
  41 }
  42 \author{Emmanuel Paradis}
  43 \seealso{
  44   \code{\link{birthdeath}}, \code{\link{branching.times}},
  45   \code{\link{diversi.gof}}, \code{\link{diversi.time}},
  46   \code{\link{ltt.plot}}, \code{\link{yule}}, \code{\link{yule.cov}}
  47 }
  48 \examples{
  49 ### An example from Paradis (2003) using the avian orders:
  50 data(bird.orders)
  51 ### Number of species in each order from Sibley and Monroe (1990):
  52 S <- c(10, 47, 69, 214, 161, 17, 355, 51, 56, 10, 39, 152,
  53        6, 143, 358, 103, 319, 23, 291, 313, 196, 1027, 5712)
  54 bd.ext(bird.orders, S)
  55 }
  56 \keyword{models}