man/bd.ext.Rd

   1 \name{bd.ext}
   2 \alias{bd.ext}
   3 \title{Extended Version of the Birth-Death Models to Estimate Speciation
   4   and Extinction Rates}
   5 \usage{
   6 bd.ext(phy, S, conditional = TRUE)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  10   \item{S}{a numeric vector giving the number of species for each tip.}
  11   \item{conditional}{whether probabilities should be conditioned on no
  12     extinction (mainly to compare results with previous analyses; see
  13     details).}
  14 }
  15 \description{
  16   This function fits by maximum likelihood a birth-death model to the
  17   combined phylogenetic and taxonomic data of a given clade. The
  18   phylogenetic data are given by a tree, and the taxonomic data by the
  19   number of species for the its tips.
  20 }
  21 \details{
  22   A re-parametrization of the birth-death model studied by Kendall
  23   (1948) so that the likelihood has to be maximized over \emph{d/b} and
  24   \emph{b - d}, where \emph{b} is the birth rate, and \emph{d} the death
  25   rate.
  26
  27   The standard-errors of the estimated parameters are computed using a
  28   normal approximation of the maximum likelihood estimates.
  29
  30   If the argument \code{S} has names, then they are matched to the tip
  31   labels of \code{phy}. The user must be careful here since the function
  32   requires that both series of names perfectly match, so this operation
  33   may fail if there is a typing or syntax error. If both series of names
  34   do not match, the values \code{S} are taken to be in the same order
  35   than the tip labels of \code{phy}, and a warning message is issued.
  36
  37   Note that the function does not check that the tree is effectively
  38   ultrametric, so if it is not, the returned result may not be
  39   meaningful.
  40
  41   If \code{conditional = TRUE}, the probabilities of the taxonomic data
  42   are calculated conditioned on no extinction (Rabosky et al. 2007). In
  43   previous versions of the present function (until ape 2.6-1),
  44   unconditional probabilities were used resulting in underestimated
  45   extinction rate. Though it does not make much sense to use
  46   \code{conditional = FALSE}, this option is provided to compare results
  47   from previous analyses: if the species richnesses are relatively low,
  48   both versions will give similar results (see examples).
  49 }
  50 \references{
  51   Paradis, E. (2003) Analysis of diversification: combining phylogenetic
  52   and taxonomic data. \emph{Proceedings of the Royal Society of
  53     London. Series B. Biological Sciences}, \bold{270}, 2499--2505.
  54
  55   Rabosky, D. L., Donnellan, S. C., Talaba, A. L. and Lovette,
  56   I. J. (2007) Exceptional among-lineage variation in diversification
  57   rates during the radiation of Australia's most diverse vertebrate
  58   clade. \emph{Proceedings of the Royal Society of London. Series
  59   B. Biological Sciences}, \bold{274}, 2915--2923.
  60 }
  61 \author{Emmanuel Paradis}
  62 \seealso{
  63   \code{\link{birthdeath}}, \code{\link{branching.times}},
  64   \code{\link{diversi.gof}}, \code{\link{diversi.time}},
  65   \code{\link{ltt.plot}}, \code{\link{yule}}, \code{\link{yule.cov}},
  66   \code{\link{bd.time}}
  67 }
  68 \examples{
  69 ### An example from Paradis (2003) using the avian orders:
  70 data(bird.orders)
  71 ### Number of species in each order from Sibley and Monroe (1990):
  72 S <- c(10, 47, 69, 214, 161, 17, 355, 51, 56, 10, 39, 152,
  73        6, 143, 358, 103, 319, 23, 291, 313, 196, 1027, 5712)
  74 bd.ext(bird.orders, S)
  75 bd.ext(bird.orders, S, FALSE) # same than older versions
  76 }
  77 \keyword{models}