man/base.freq.Rd

   1 \name{base.freq}
   2 \alias{base.freq}
   3 \title{Base frequencies from DNA Sequences}
   4 \usage{
   5 base.freq(x, freq = FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{a vector, a matrix, or a list which contains the DNA
   9     sequences.}
  10   \item{freq}{a logical specifying whether to return the proportions
  11     (the default) or the absolute frequencies (counts).}
  12 }
  13 \description{
  14   This function computes the relative frequencies (i.e. proportions) of
  15   the four DNA bases (adenine, cytosine, guanine, and thymidine) from a
  16   sample of sequences.
  17 }
  18 \details{
  19   The base frequencies are computed over all sequences in the
  20   sample. All missing or unknown sites are discarded from the
  21   computations.
  22 }
  23 \value{
  24   A numeric vector storing the relative frequencies with names
  25   \code{c("a", "c", "g", "t")}.
  26 }
  27 \author{Emmanuel Paradis}
  28 \seealso{
  29   \code{\link{GC.content}}, \code{\link{seg.sites}},
  30   \code{\link{nuc.div}}, \code{\link{DNAbin}}
  31 }
  32 \keyword{univar}