man/base.freq.Rd

   1 \name{base.freq}
   2 \alias{base.freq}
   3 \title{Base frequencies from DNA Sequences}
   4 \usage{
   5 base.freq(x)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{a vector, a matrix, or a list which contains the DNA
   9     sequences.}
  10 }
  11 \description{
  12   This function computes the relative frequencies (i.e. percentages) of
  13   the four DNA bases (adenine, cytosine, guanine, and thymidine) from a
  14   sample of sequences.
  15 }
  16 \details{
  17   The base frequencies are computed over all sequences in the
  18   sample. All missing or unknown sites are discarded from the
  19   computations.
  20 }
  21 \value{
  22   A numeric vector stoting the relative frequencies with names
  23   \code{c("a", "c", "g", "t")}.
  24 }
  25 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  26 \seealso{
  27   \code{\link{GC.content}}, \code{\link{seg.sites}},
  28   \code{\link{nuc.div}}, \code{\link{DNAbin}}
  29 }
  30 \keyword{univar}