man/ape-package.Rd

   1 \name{ape-package}
   2 \alias{ape-package}
   3 \alias{ape}
   4 \docType{package}
   5 \title{
   6 Analyses of Phylogenetics and Evolution
   7 }
   8 \description{
   9   \pkg{ape} provides functions for reading and manipulating phylogenetic
  10   trees and DNA sequences, computing DNA distances, estimating trees
  11   with distance-based methods, and a range of methods for comparative
  12   analyses and analysis of diversification. Functionalities are also
  13   provided for programming new phylogenetic methods.
  14
  15   The complete list of functions can be displayed with
  16   \code{library(help = ape)}.
  17
  18   More information on \pkg{ape} can be found at \url{http://ape.mpl.ird.fr/}.
  19 }
  20
  21 \author{
  22   Emmanuel Paradis, Ben Bolker, Julien Claude, Hoa Sien Cuong, Richard
  23   Desper, Benoit Durand, Julien Dutheil, Olivier Gascuel, Christoph
  24   Heibl, Daniel Lawson, Vincent Lefort, Pierre Legendre, Jim Lemon,
  25   Yvonnick Noel, Johan Nylander, Rainer Opgen-Rhein, Korbinian Strimmer,
  26   Damien de Vienne
  27
  28   Maintainer: Emmanuel Paradis <Emmanuel.Paradis@ird.fr>
  29 }
  30 \references{
  31   Paradis, E. (2006) \emph{Analyses of Phylogenetics and Evolution with
  32     R.} New York: Springer.
  33
  34   Paradis, E., Claude, J. and Strimmer, K. (2004) APE: analyses of
  35   phylogenetics and evolution in R language. \emph{Bioinformatics},
  36   \bold{20}, 289--290.
  37 }
  38 \keyword{package}