man/ape-internal.Rd

   1 \name{ape-internal}
   2 \alias{tree.build}
   3 \alias{f.cherry.yule}
   4 \alias{f.cherry.uniform}
   5 \alias{sortIndex}
   6 \alias{nsca}
   7 \alias{perm.rowscols}
   8 \alias{mant.zstat}
   9 \alias{lower.triang}
  10 \alias{clado.build}
  11 \alias{getDurations}
  12 \alias{getEdgeLengths}
  13 \alias{getExternalParams}
  14 \alias{getNEdges}
  15 \alias{getNFreeParams}
  16 \alias{getRates}
  17 \alias{objFuncLogScale}
  18 \alias{optimTree}
  19 \alias{phylogram}
  20 \alias{prepareTree}
  21 \alias{setTree}
  22 \alias{buildTreeFromPhylo}
  23 \alias{destroyTree}
  24 \alias{getError}
  25 \alias{nEdges}
  26 \alias{nNodes}
  27 \alias{klastorin_nTips}
  28 \alias{getMisawaTajima}
  29 \alias{phylogram.plot}
  30 \alias{cladogram.plot}
  31 \alias{circular.plot}
  32 \alias{unrooted.plot}
  33 \alias{unrooted.xy}
  34 \alias{node.height}
  35 \alias{node.height.clado}
  36 \alias{birth.step}
  37 \alias{death.step}
  38 \alias{ht.move}
  39 \alias{loglik.pop}
  40 \alias{pos.move}
  41 \alias{BOTHlabels}
  42 \alias{chronopl.cv}
  43 \alias{prepareDNA}
  44 \alias{floating.pie.asp}
  45 \alias{checkLabel}
  46 \alias{getMRCA}
  47 \title{Internal Ape Functions}
  48 \description{
  49   Internal ape functions.
  50 }
  51 \note{
  52   These are not to be called by the user (or in some cases are just
  53   waiting for proper documentation to be written).
  54 }
  55 \keyword{internal}