man/ape-defunct.Rd

   1 \name{ape-defunct}
   2 \alias{klastorin}
   3 \alias{mlphylo}
   4 \alias{DNAmodel}
   5 \alias{sh.test}
   6 \alias{heterozygosity}
   7 \alias{H}
   8 \alias{nuc.div}
   9 \alias{theta.h}
  10 \alias{theta.k}
  11 \alias{theta.s}
  12 \title{Defunct Ape Functions}
  13 \description{
  14   These functions have been removed from \pkg{ape} or moved to another
  15   package.
  16 }
  17 \usage{
  18 klastorin(phy)
  19 mlphylo(x, phy, model = DNAmodel(), search.tree = FALSE,
  20         quiet = FALSE, value = NULL, fixed = FALSE)
  21 DNAmodel(model = "K80", partition = 1,
  22          ncat.isv = 1, invar = FALSE,
  23          equal.isv = TRUE, equal.invar = 1)
  24 sh.test(..., x, model = DNAmodel(), B = 100)
  25 heterozygosity(x, variance = FALSE)
  26 H(x, variance = FALSE)
  27 nuc.div(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
  28 theta.h(x, standard.error = FALSE)
  29 theta.k(x, n = NULL, k = NULL)
  30 theta.s(s, n, variance = FALSE)
  31 }
  32 \details{
  33   \code{klastorin} has been removed because it does not seem to be used
  34   and this helped to clear some internal C code (this function may be
  35   put back with a different coding).
  36
  37   \code{mlphylo}, \code{DNAmodel} and \code{sh.test} have been removed:
  38   see the package \pkg{phangorn} for a much better implementation of
  39   these methods (and others).
  40
  41   \code{heterozygosity}, \code{nuc.div}, \code{theta.h}, \code{theta.k}
  42   and \code{theta.s} have been moved to \pkg{pegas}.
  43 }
  44 \keyword{internal}