man/ape-defunct.Rd

   1 \name{ape-defunct}
   2 \alias{ape-defunct}
   3 \alias{klastorin}
   4 \alias{mlphylo}
   5 \alias{DNAmodel}
   6 \alias{sh.test}
   7 \alias{heterozygosity}
   8 \alias{H}
   9 \alias{nuc.div}
  10 \alias{theta.h}
  11 \alias{theta.k}
  12 \alias{theta.s}
  13 \alias{evolve.phylo}
  14 \alias{plot.ancestral}
  15 \alias{chronogram}
  16 \alias{ratogram}
  17 \alias{NPRS.criterion}
  18 \title{Defunct Ape Functions}
  19 \description{
  20   These functions have been removed from \pkg{ape} or moved to another
  21   package.
  22 }
  23 \usage{
  24 klastorin(phy)
  25 mlphylo(...)
  26 DNAmodel(...)
  27 sh.test(...)
  28 heterozygosity(x, variance = FALSE)
  29 H(x, variance = FALSE)
  30 nuc.div(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
  31 theta.h(x, standard.error = FALSE)
  32 theta.k(x, n = NULL, k = NULL)
  33 theta.s(s, n, variance = FALSE)
  34 evolve.phylo(phy, value, var)
  35 plot.ancestral(...)
  36 chronogram(...)
  37 ratogram(...)
  38 NPRS.criterion(...)
  39 }
  40 \details{
  41   \code{klastorin} has been removed because it does not seem to be used
  42   and this helped to clear some internal C code (this function may be
  43   put back with a different coding).
  44
  45   \code{mlphylo}, \code{DNAmodel} and \code{sh.test} have been removed:
  46   see the package \pkg{phangorn} for a much better implementation of
  47   these methods (and others).
  48
  49   \code{heterozygosity}, \code{nuc.div}, \code{theta.h}, \code{theta.k}
  50   and \code{theta.s} have been moved to \pkg{pegas}.
  51
  52   \code{evolve.phylo} and \code{plot.ancestral} have been deprecated by
  53   the new function \code{\link{rTraitCont}}.
  54
  55   \code{chronogram}, \code{ratogram}, and \code{NPRS.criterion} have
  56   ceased to be maintained: consider using \code{\link{chronopl}}.
  57 }
  58 \keyword{internal}