man/ape-defunct.Rd

   1 \name{ape-defunct}
   2 \alias{ape-defunct}
   3 \alias{klastorin}
   4 \alias{mlphylo}
   5 \alias{DNAmodel}
   6 \alias{sh.test}
   7 \alias{heterozygosity}
   8 \alias{H}
   9 \alias{nuc.div}
  10 \alias{theta.h}
  11 \alias{theta.k}
  12 \alias{theta.s}
  13 \alias{evolve.phylo}
  14 \alias{plot.ancestral}
  15 \title{Defunct Ape Functions}
  16 \description{
  17   These functions have been removed from \pkg{ape} or moved to another
  18   package.
  19 }
  20 \usage{
  21 klastorin(phy)
  22 mlphylo(...)
  23 DNAmodel(...)
  24 sh.test(...)
  25 heterozygosity(x, variance = FALSE)
  26 H(x, variance = FALSE)
  27 nuc.div(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
  28 theta.h(x, standard.error = FALSE)
  29 theta.k(x, n = NULL, k = NULL)
  30 theta.s(s, n, variance = FALSE)
  31 evolve.phylo(phy, value, var)
  32 plot.ancestral(...)
  33 }
  34 \details{
  35   \code{klastorin} has been removed because it does not seem to be used
  36   and this helped to clear some internal C code (this function may be
  37   put back with a different coding).
  38
  39   \code{mlphylo}, \code{DNAmodel} and \code{sh.test} have been removed:
  40   see the package \pkg{phangorn} for a much better implementation of
  41   these methods (and others).
  42
  43   \code{heterozygosity}, \code{nuc.div}, \code{theta.h}, \code{theta.k}
  44   and \code{theta.s} have been moved to \pkg{pegas}.
  45
  46   \code{evolve.phylo} and \code{plot.ancestral} have been deprecated by
  47   the new function \link{\code{rTraitCont}}.
  48 }
  49 \keyword{internal}