man/alex.Rd

   1 \name{alex}
   2 \alias{alex}
   3 \title{Alignment Explorer With Multiple Devices}
   4 \description{
   5   This function helps to explore DNA alignments by zooming in. The user
   6   clicks twice defining the opposite corners of the portion which is
   7   extracted and drawned on a new window.
   8 }
   9 \usage{
  10 alex(x, ...)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{x}{an object of class \code{"DNAbin"}.}
  14   \item{\dots}{further arguments to pass to \code{image.DNAbin}.}
  15 }
  16 \details{
  17   This function works with a DNA alignment (freshly) plotted on an
  18   interactive graphical device (i.e., not a file) with \code{image}.
  19   After calling \code{alex}, the user clicks twice defining a rectangle
  20   in the alignment, then this portion of the alignment is extacted and
  21   plotted on a \emph{new} window. The user can click as many times on
  22   the alignment. The process is stopped by a right-click. If the user
  23   clicks twice outside the alignment, a message ``Try again!'' is
  24   printed.
  25
  26   Each time \code{alex} is called, the alignment is plotted on a new
  27   window without closing or deleting those possibly already plotted.
  28
  29   In all cases, the device where \code{x} is plotted is the active
  30   window after the operation. It should \emph{not} be closed during the
  31   whole process.
  32 }
  33 \value{NULL}
  34 \author{Emmanuel Paradis}
  35 \seealso{
  36   \code{\link{image.DNAbin}}, \code{\link{trex}}
  37 }
  38 \examples{
  39 \dontrun{
  40 data(woodmouse)
  41 image(woodmouse)
  42 alex(woodmouse)
  43 }}
  44 \keyword{hplot}