]> git.donarmstrong.com Git - ape.git/blob - man/additive.Rd
new code for reading FASTA files
[ape.git] / man / additive.Rd
1 \name{additive}
2 \alias{additive}
3 \alias{ultrametric}
4 \title{Incomplete Distance Matrix Filling}
5 \description{
6   Fills missing entries from incomplete distance matrix using the
7   additive or the ultrametric procedure (see reference for details).
8 }
9 \usage{
10 additive(X)
11 ultrametric(X)
12 }
13 \arguments{
14   \item{X}{a distance matrix or an object of class \code{"dist"}.}
15 }
16 \value{
17   a distance matrix.
18 }
19 \references{
20   Makarenkov, V. and Lapointe, F.-J. (2004) A weighted least-squares
21   approach for inferring phylogenies from incomplete distance
22   matrices. \emph{Bioinformatics}, \bold{20}, 2113--2121.
23   \url{http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bth211}
24 }
25 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
26 \keyword{manip}