man/SDM.Rd

   1 \name{SDM}
   2 \alias{SDM}
   3 \title{Construction of Consensus Distance Matrix With SDM}
   4 \description{
   5   This function implements the SDM method of Criscuolo et al. (2006) for
   6   a set of n distance matrices.
   7 }
   8 \usage{
   9 SDM(...)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{\dots}{2n elements (with n > 1), the first n elements are the
  13     distance matrices: these can be (symmetric) matrices, objects of
  14     class \code{"dist"}, or a mix of both. The next n elements are the
  15     sequence length from which the matrices have been estimated (can be
  16     seen as a degree of confidence in matrices).}
  17 }
  18 \details{
  19   Reconstructs a consensus distance matrix from a set of input distance
  20   matrices on overlapping sets of taxa. Potentially missing values in
  21   the supermatrix are represented by \code{NA}. An error is returned if
  22   the input distance matrices can not resolve to a consensus matrix.
  23 }
  24 \value{
  25   a 2-element list containing a distance matrix labelled by the union of
  26   the set of taxa of the input distance matrices, and a variance matrix
  27   associated to the returned distance matrix.
  28 }
  29 \references{
  30   Criscuolo, A., Berry, V., Douzery, E. J. P. , and Gascuel, O. (2006)
  31   SDM: A fast distance-based approach for (super)tree building in
  32   phylogenomics. \emph{Systematic Biology}, \bold{55}, 740--755.
  33 }
  34 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  35 \seealso{
  36   \code{\link{bionj}}, \code{\link{fastme}}, \code{\link{njs}},
  37   \code{\link{mvrs}}, \code{\link{triangMtd}}
  38 }
  39 \keyword{models}