man/SDM.Rd

   1 \name{SDM}
   2 \alias{SDM}
   3 \title{Construction of Consensus Distance Matrix With SDM}
   4 \description{
   5   This function implements the SDM method of Criscuolo et al. (2006) for
   6   a set of n distance matrices.
   7 }
   8 \usage{
   9 SDM(...)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{\dots}{2n elements (with n > 1), the first n elements are the
  13     distance matrices, the next n elements are the sequence length from
  14     which the matrices have been estimated (can be seen as a degree of
  15     confidence in matrices).}
  16 }
  17 \details{
  18   Reconstructs a consensus distance matrix from a set of input distance
  19   matrices on overlapping sets of taxa. Potentially missing values in
  20   the supermatrix are represented by \code{NA}. An error is returned if
  21   the input distance matrices can not resolve to a consensus matrix.
  22 }
  23 \value{
  24   a 2-element list containing a distance matrix labelled by the union of
  25   the set of taxa of the input distance matrices, and a variance matrix
  26   associated to the returned distance matrix.
  27 }
  28 \references{
  29   Criscuolo, A., Berry, V., Douzery, E. J. P. , and Gascuel, O. (2006)
  30   SDM: A fast distance-based approach for (super)tree building in
  31   phylogenomics. \emph{Systematic Biology}, \bold{55}, 740--755.
  32 }
  33 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  34 \keyword{models}