man/MPR.Rd

   1 \name{MPR}
   2 \alias{MPR}
   3 \title{Most Parsimonious Reconstruction}
   4 \description{
   5   This function does ancestral character reconstruction by parsimony as
   6   described in Hanazawa et al. (1995) and modified by Narushima and
   7   Hanazawa (1997).
   8 }
   9 \usage{
  10 MPR(x, phy, outgroup)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{x}{a vector of integers.}
  14   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}; the tree must be
  15     unrooted and fully dichotomous.}
  16   \item{outgroup}{an integer or a character string giving the tip of
  17     \code{phy} used as outgroup.}
  18 }
  19 \details{
  20   Hanazawa et al. (1995) and Narushima and Hanazawa (1997) used Farris's
  21   (1970) and Swofford and Maddison's (1987) framework to reconstruct
  22   ancestral states using parsimony. The character is assumed to take
  23   integer values. The algorithm finds the sets of values for each node
  24   as intervals with lower and upper values.
  25
  26   It is recommended to root the tree with the outgroup before the
  27   analysis, so plotting the values with \code{\link{nodelabels}} is
  28   simple.
  29 }
  30 \value{
  31   a matrix of integers with two columns named ``lower'' and ``upper''
  32   giving the lower and upper values of the reconstructed sets for each
  33   node.
  34 }
  35 \references{
  36   Farris, J. M. (1970) Methods for computing Wagner trees.
  37   \emph{Systematic Zoology}, \bold{19}, 83--92.
  38
  39   Hanazawa, M., Narushima, H. and Minaka, N. (1995) Generating most
  40   parsimonious reconstructions on a tree: a generalization of the
  41   Farris--Swofford--Maddison method. \emph{Discrete Applied
  42     Mathematics}, \bold{56}, 245--265.
  43
  44   Narushima, H. and Hanazawa, M. (1997) A more efficient algorithm for
  45   MPR problems in phylogeny. \emph{Discrete Applied Mathematics},
  46   \bold{80}, 231--238.
  47
  48   Swofford, D. L. and Maddison, W. P. (1987) Reconstructing ancestral
  49   character states under Wagner parsimony. \emph{Mathematical
  50     Biosciences}, \bold{87}, 199--229.
  51 }\author{Emmanuel Paradis}
  52 \seealso{
  53   \code{\link{ace}}, \code{\link{root}}, \code{\link{nodelabels}}
  54 }
  55 \examples{
  56 ## the example in Narushima and Hanazawa (1997):
  57 tr <- read.tree(text = "(((i,j)c,(k,l)b)a,(h,g)e,f)d;")
  58 x <- c(1, 3, 0, 6, 5, 2, 4)
  59 names(x) <- letters[6:12]
  60 (o <- MPR(x, tr, "f"))
  61 plot(tr)
  62 nodelabels(paste("[", o[, 1], ",", o[, 2], "]", sep = ""))
  63 tiplabels(x[tr$tip.label], adj = -2)
  64 ## some random data:
  65 x <- rpois(30, 1)
  66 tr <- rtree(30, rooted = FALSE)
  67 MPR(x, tr, "t1")
  68 }
  69 \keyword{models}