man/Initialize.corPhyl.Rd

   1 \name{Initialize.corPhyl}
   2 \alias{Initialize.corPhyl}
   3 \title{Initialize a `corPhyl' Structure Object}
   4 \usage{
   5         \method{Initialize}{corPhyl}(object, data, ...)
   6 }
   7 \arguments{
   8         \item{object}{An object inheriting from class \code{corPhyl}.}
   9         \item{data}{The data to use. If it contains rownames, they are matched with the tree tip labels, otherwise data are supposed to be in the same order than tip labels and a warning is sent.}
  10         \item{\dots}{some methods for this generic require additional arguments. None are used in this method.}
  11 }
  12 \description{
  13         Initialize a \code{corPhyl} correlation structure object.
  14         Does the same as \code{Initialize.corStruct}, but also checks the row names of data and builds an index.
  15 }
  16 \value{
  17         An initialized object of same class as \code{object}.
  18 }
  19 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}}
  20 \seealso{
  21   \code{\link{corClasses}}, \code{\link[nlme]{Initialize.corStruct}}.
  22 }
  23 \keyword{models}
  24 \keyword{manip}