man/DNAbin.Rd

   1 \name{DNAbin}
   2 \alias{DNAbin}
   3 \alias{print.DNAbin}
   4 \alias{summary.DNAbin}
   5 \alias{[.DNAbin}
   6 \alias{rbind.DNAbin}
   7 \alias{cbind.DNAbin}
   8 \alias{as.matrix.DNAbin}
   9 \title{Manipulate DNA Sequences in Bit-Level Format}
  10 \description{
  11   These functions help to manipulate DNA sequences coded in the
  12   bit-level coding scheme.
  13 }
  14 \usage{
  15 \method{print}{DNAbin}(x, \dots)
  16 \method{summary}{DNAbin}(object, printlen = 6, digits = 3, \dots)
  17 \method{rbind}{DNAbin}(\dots)
  18 \method{cbind}{DNAbin}(\dots, check.names = TRUE, fill.with.gaps = FALSE,
  19              quiet = FALSE)
  20 \method{[}{DNAbin}(x, i, j, drop = TRUE)
  21 \method{as.matrix}{DNAbin}(x, \dots)
  22 \method{c}{DNAbin}(\dots, recursive = FALSE)
  23 }
  24 \arguments{
  25   \item{x, object}{an object of class \code{"DNAbin"}.}
  26   \item{\dots}{either further arguments to be passed to or from other
  27     methods in the case of \code{print}, \code{summary}, and
  28     \code{as.matrix}, or a series of objects of class \code{"DNAbin"} in
  29     the case of \code{rbind}, \code{cbind}, and \code{c}.}
  30   \item{printlen}{the number of labels to print (6 by default).}
  31   \item{digits}{the number of digits to print (3 by default).}
  32   \item{check.names}{a logical specifying whether to check the rownames
  33     before binding the columns (see details).}
  34   \item{fill.with.gaps}{a logical indicating whether to keep all
  35     possible individuals as indicating by the rownames, and eventually
  36     filling the missing data with insertion gaps (ignored if
  37     \code{check.names = FALSE}).}
  38   \item{quiet}{a logical to switch off warning messages when some rows
  39     are dropped.}
  40   \item{i, j}{indices of the rows and/or columns to select or to drop.
  41     They may be numeric, logical, or character (in the same way than for
  42     standard R objects).}
  43   \item{drop}{logical; if \code{TRUE} (the default), the returned object
  44     is of the lowest possible dimension.}
  45   \item{recursive}{for compatibility with the generic (unused).}
  46 }
  47 \details{
  48   These are all `methods' of generic functions which are here applied to
  49   DNA sequences stored as objects of class \code{"DNAbin"}. They are
  50   used in the same way than the standard R functions to manipulate
  51   vectors, matrices, and lists. Additionally, the operators \code{[[}
  52   and \code{$} may be used to extract a vector from a list.
  53
  54   These functions are provided to manipulate easily DNA sequences coded
  55   with the bit-level coding scheme. The latter allows much faster
  56   comparisons of sequences, as well as storing them in less memory
  57   compared to the format used before \pkg{ape} 1.10.
  58
  59   For \code{cbind}, the default behaviour is to keep only individuals
  60   (as indicated by the rownames) for which there are no missing data. If
  61   \code{fill.with.gaps = TRUE}, a `complete' matrix is returned,
  62   enventually with insertion gaps as missing data. If \code{check.names
  63   = TRUE} (the default), the rownames of each matrix are checked, and
  64   the rows are reordered if necessary. If \code{check.names = FALSE},
  65   the matrices must all have the same number of rows, and are simply
  66   binded; the rownames of the first matrix are used. See the examples.
  67
  68   \code{as.matrix} may be used to convert DNA sequences (of the same
  69   length) stored in a list into a matrix while keeping the names and the
  70   class.
  71 }
  72 \value{
  73   an object of class \code{"DNAbin"} in the case of \code{rbind},
  74   \code{cbind}, and \code{[}.
  75 }
  76 \references{
  77   Paradis, E. (2007) A Bit-Level Coding Scheme for Nucleotides.
  78   \url{http://ape.mpl.ird.fr/misc/BitLevelCodingScheme_20April2007.pdf}
  79 }
  80 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  81 \seealso{
  82   \code{\link{as.DNAbin}}, \code{\link{read.dna}},
  83   \code{\link{read.GenBank}}, \code{\link{write.dna}}
  84
  85   The corresponding generic functions are documented in the package
  86   \pkg{base}.
  87 }
  88 \examples{
  89 data(woodmouse)
  90 woodmouse
  91 summary(woodmouse)
  92 summary(woodmouse, 15, 6)
  93 summary(woodmouse[1:5, 1:300], 15, 6)
  94 ### Just to show how distances could be influenced by sampling:
  95 dist.dna(woodmouse[1:2, ])
  96 dist.dna(woodmouse[1:3, ])
  97 ### cbind and its options:
  98 x <- woodmouse[1:2, 1:5]
  99 y <- woodmouse[2:4, 6:10]
 100 as.character(cbind(x, y)) # gives warning
 101 as.character(cbind(x, y, fill.with.gaps = TRUE))
 102 \dontrun{
 103 as.character(cbind(x, y, check.names = FALSE)) # gives an error
 104 }
 105 }
 106 \keyword{manip}