R/zoom.R

   1 ## zoom.R (2009-07-27)
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   3 ##   Zoom on a Portion of a Phylogeny
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   5 ## Copyright 2003-2009 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 zoom <- function(phy, focus, subtree = FALSE, col = rainbow, ...)
  11 {
  12     if (!is.list(focus)) focus <- list(focus)
  13     n <- length(focus)
  14     for (i in 1:n)
  15       if (is.character(focus[[i]]))
  16         focus[[i]] <- which(phy$tip.label %in% focus[[i]]) # fix by Yan Wong
  17     if (is.function(col)) {
  18         col <- if (deparse(substitute(col)) == "grey") grey(1:n/n) else col(n)
  19     }
  20     ext <- vector("list", n)
  21     for (i in 1:n)
  22       ext[[i]] <- drop.tip(phy, phy$tip.label[-focus[[i]]],
  23                            subtree = subtree, rooted = TRUE)
  24     nc <- round(sqrt(n)) + 1
  25     nr <- ceiling(sqrt(n))
  26     M <- matrix(0, nr, nc)
  27     x <- c(rep(1, nr), 2:(n + 1))
  28     M[1:length(x)] <- x
  29     layout(M, c(1, rep(3/(nc - 1), nc - 1)))
  30     phy$tip.label <- rep("", length(phy$tip.label))
  31     colo <- rep("black", dim(phy$edge)[1])
  32     for (i in 1:n)
  33       colo[which.edge(phy, focus[[i]])] <- col[i]
  34     plot.phylo(phy, edge.color = colo, ...)
  35     for (i in 1:n)
  36       plot.phylo(ext[[i]], edge.color = col[i], ...)
  37 }