R/zoom.R

   1 ## zoom.R (2004-12-17)
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   3 ##   Zoom on a Portion of a Phylogeny
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   5 ## Copyright 2003-2004 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 zoom <- function(phy, focus, subtree = FALSE, col = rainbow, ...)
  11 {
  12     if (!is.list(focus)) focus <- list(focus)
  13     n <- length(focus)
  14     for (i in 1:n)
  15       if (is.character(focus[[i]]))
  16         focus[[i]] <- which(phy$tip.label == focus[[i]])
  17     if (is.function(col))
  18       if (deparse(substitute(col)) == "grey")
  19         col <- grey(1:n/n) else col <- col(n)
  20     ext <- list()
  21     length(ext) <- n
  22     for (i in 1:n)
  23       ext[[i]] <- drop.tip(phy, phy$tip.label[-focus[[i]]],
  24                            subtree = subtree)
  25     nc <- round(sqrt(n)) + 1
  26     nr <- ceiling(sqrt(n))
  27     M <- matrix(0, nr, nc)
  28     x <- c(rep(1, nr), 2:(n + 1))
  29     M[1:length(x)] <- x
  30     layout(M, c(1, rep(3 / (nc - 1), nc - 1)))
  31     phy$tip.label <- rep("", length(phy$tip.label))
  32     colo <- rep("black", dim(phy$edge)[1])
  33     for (i in 1:n)
  34       colo[which.edge(phy, focus[[i]])] <- col[i]
  35     plot.phylo(phy, edge.color = colo, ...)
  36     for (i in 1:n)
  37       plot.phylo(ext[[i]], edge.color = col[i], ...)
  38 }