R/unique.multiPhylo.R

   1 ## unique.multiPhylo.R (2007-11-16)
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   3 ##   Revomes Duplicate Trees from a List
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   5 ## Copyright 2007 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 unique.multiPhylo <- function(x, incomparables = FALSE,
  11                               use.edge.length = FALSE,
  12                               use.tip.label = TRUE, ...)
  13 {
  14     n <- length(x)
  15     keep <- !logical(n)
  16     for (i in 2:n) {
  17         j <- 1
  18         while (j < i) {
  19             if (all.equal(x[[j]], x[[i]],
  20                           use.edge.length = use.edge.length,
  21                           use.tip.label = use.tip.label)) {
  22                 keep[i] <- FALSE
  23                 break
  24             }
  25             j <- j + 1
  26         }
  27     }
  28     structure(x[keep], class = "multiPhylo")
  29 }