R/unique.multiPhylo.R

   1 ## unique.multiPhylo.R (2008-06-09)
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   3 ##   Revomes Duplicate Trees from a List
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   5 ## Copyright 2007-2008 Emmanuel Paradis
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   7 ## This file is part of the R-package `ape'.
   8 ## See the file ../COPYING for licensing issues.
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  10 unique.multiPhylo <- function(x, incomparables = FALSE,
  11                               use.edge.length = FALSE,
  12                               use.tip.label = TRUE, ...)
  13 {
  14     n <- length(x)
  15     keep <- 1L
  16     for (i in 2:n) {
  17         already.seen <- FALSE
  18         for (s in x[keep]) {
  19             if (all.equal(s, x[[i]],
  20                           use.edge.length = use.edge.length,
  21                           use.tip.label = use.tip.label)) {
  22                 already.seen <- TRUE
  23                 break
  24             }
  25         }
  26         if (!already.seen) keep <- c(keep, i)
  27     }
  28     x[keep]
  29 }